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Kaffeine

2013-10-15T17:03:46Z

Yannick56 : /* Configuration */ suppression partie Assistant de configuration parce que cet assistant n'existe plus dans la version actuelle

{{introduction2|logo_kaffeine_big.png|{{prog|Kaffeine}} est un lecteur multimédia libre complet pour l'environnement graphique [[KDE]]. Il permet de lire des DVD, des VCD, de nombreux fichiers vidéos et d'encoder des CD audio. De plus il est capable d'afficher, d'enregistrer et de diffuser de nombreux flux tel que le [http://fr.wikipedia.org/wiki/Digital_Video_Broadcasting DVB] et le [http://fr.wikipedia.org/wiki/T%C3%A9l%C3%A9vision_num%C3%A9rique_terrestre TNT]. Le lecteur Kaffeine utilise par défaut le moteur [http://fr.wikipedia.org/wiki/Xine xine] mais il peut également utiliser [http://fr.wikipedia.org/wiki/GStreamer GStreamer].
Kaffeine est donc un lecteur multimédia assez puissant qui dispose de nombreuses fonctionnalités et de nombreux paramètres.}}
{{-}}

{{installation|kaffeine}}

== Interface ==
Lorsque vous lancez {{prog|Kaffeine}} sous '''Mageia Linux''' avec [[KDE]], la page de démarrage par défaut affiché est la suivante :

[[Fichier:Kaffeine_écran_principal.png|right|L'interface principale de Kaffeine]]

L'interface principale de {{prog|Kaffeine}} se compose de cinq icônes si on ne possède pas une carte TV. Si le logiciel détecte un tuner TV analogique ou numérique, une sixième icône apparait sur la page de démarrage.

À gauche, au niveau de la barre latérale, nous retrouvons dans l'ordre les onglets suivants:
*'''Démarrer''' qui permet d'accéder facilement aux fonctionnalités du lecteur avec des icônes
*'''Fenêtre de lecteur''' qui permet d'afficher la vidéo en cour de lecture
*'''Liste de lecture''' qui vous aide à organiser votre liste de lecture audio ou vidéo.
*'''CD audio''' qui permet de lire, d'encoder en MP3, Ogg et dans bien d'autres formats vos CD préférés
*'''Télévision''' qui permet de regarder la télé au format analogique ou numérique. C'est l'un des outils les plus puissants dans {{prog|Kaffeine}}.
{{-}}

== Configuration ==

=== Configuration de la télévision avec une carte TNT ===
[[Image:Kaffeine-wizard-settings-dvb-device.png|right|300px|fenêtre de configuration pour le matériel TNT - materiel]]
Si votre ordinateur possède une carte TNT et que celle-ci est détectée par {{prog|Kaffeine}}, une fenêtre de configuration apparait. Il faut alors laisser par défaut le premier onglet : "DVB Device" (matériel de réception TNT). Vous trouverez dans cette onglet des informations sur votre carte TNT comme le nom et le type de la carte qui est '''Terrestrial''' (Terrestre) ou encore la source de réception de la TNT (ex : Rouen). La source est par défaut à '''Auto''' car ça permet de rechercher sur toutes les fréquences les chaînes et donc de pas se soucier de choisir l'antenne la plus proche mais cela a pour conséquence d'allonger le temps pour rechercher les chaînes.

[[Image:Kaffeine-wizard-settings-dvb-recording-4.png|left|300px|fenêtre de configuration pour le matériel TNT - enregistrement]]
L'onglet '''Recording''' permet de définir un dossier spécifique pour chaque type d'enregistrement. Si vous enregistrez en cliquant sur le bouton '''instant record''' (enregistrement instantané), les fichiers seront stockés à l'adresse que vous aurez défini à '''Records directory''' (répertoire d'enregistrement) par contre, si vous décidez d'enregistrer en décalé, le fichier sera conservé à l'emplacement défini par '''time shifting directory'''.

De plus, une marge de début '''begin margin''', de fin '''end margin''' et une durée par défaut '''instant record duration''' peuvent être configurés lorsqu'un enregistrement ponctuellement est effectué en passant par le bouton '''instant record'''. La taille du fichier est par défaut illimité avec l'option '''max filse size=0''' et lorsque qu'un enregistrement est effectué sans passer par la programmation, le nom du fichier est celui qui est affiché par le guide des programmes électronique '''EPG'''.

Pour finir, vous laissez les onglets : '''Broadcasting''', '''Misc''' par défaut et vous validez.
{{-}}

=== Rechercher des chaînes ===
[[Image:Kaffeine-scan_channels_on.png|left|300px|Balayage des chaînes en cours sur kaffeine]]
Afin de profiter de la Télévision Numérique Terrestre (TNT), il faut effectuer une recherche des chaînes. Pour cela, vous cliquez sur {{menu|DVB > Channels}} (DVB Chaînes), puis vous laissez l'option (rechercher sur) '''search on''' sur auto et vous cliquez sur '''démarrer le balayage''' (Start Scan). Le logiciel va donc scanner l'ensemble des canaux TNT. Cette opération peut durer plusieurs minutes.

Une fois que le balayage des chaînes est fini, vous devriez avoir un nombre assez conséquent de chaînes (payante, non payante, HD et non-HD) à gauche avec le '''SNR''' (Signal to Noise Ratio) qui est le rapport signal/bruit et le nom de la chaîne. Il faut donc sélectionner les chaînes qui vous intéressent et les placer dans le cadre à gauche en cliquant sur : (ajouter les fichiers sélectionnés) '''add selected'''. Puis vous cliquez sur : (mise à jour) '''done''' pour valider les chaînes.
{{-}}

== Fonctionnalités ==
=== La télévision par TNT ===
[[Image:Kaffeine-digital_tv_with_channel_icone_complete.png|left|300px|Liste des chaînes avec des icônes sur Kaffeine]]
L'onglet '''digital TV''' (Télévision Numérique) permet d'accéder à l'ensemble des fonctionnalités liés au TNT. On retrouve donc en haut une barre qui contient les icônes '''Channels''' (chaînes), timer (programmation), electronic program guide (guide des programmes électronique, OSD, DVB (configuration DVB) et setting,recall (va-et-viens chaînes). En dessous nous retrouvons une zone qui permet de filtrer les chaine qui doivent être affiché sur la gauche. puis la liste des chaînes avec son numéro associé est affiché. Sur cette liste, vous pouvez classer les chaînes dans l'ordre que vous voulez en éditant le numéro dans la colonne '''number''', vous pouvez également associer à une chaîne une icône en faisant : clique droit sur une chaîne puis (sélectionner une icône) '''select icon'''.
Enfin, tout en bas, le bouton qui représente une disquette permet d'activer '''l'instant record''' (enregistrement instantanée) et le bouton qui représente un écran d'ornidnateur connecté à un réseau permet d'activer le '''broadcasting''' (télédiffusion).
{{-}}

=== L'enregistrement ===
L'enregistrement peut s'effectuer de deux manières.
==== L'enregistrement instantané ====

La première est l'enregistrement instantané qui est représenté par une disquette en bas. Lorsque vous cliquez sur cette icône, cela vous permet d'enregistrer sans passer par une programmation.
{{-}}

==== La programmation ====
Puis la seconde manière est d'effectuer un enregistrement en passant par un programme.
[[Image:Kaffeine-digital_tv_timer.png|right|300px|Liste des chaînes avec des icônes sur Kaffeine]]
Lorsqu'on souhaite effectuer la programmation d'une série, il faut procéder de la manière suivante :
<ul>
<li>'''donner un nom''' (name) à votre émission</li>
<li>'''sélectionner la chaîne''' (channel) que l'on veut enregistrer</li>
<li>'''définir une date de début''' et '''l'heure à laquelle doit commencer l'enregistrement''' (begin)</li>
<li>'''la durée''' (duration). Si on donne une durée, la date et l'heure de fin son automatiquement calculé</li>
<li>'''définir la date et l'heure de fin''' (end). Si on change l'heure de fin, la durée est automatiquement mis à jour</li>
<li>'''la fréquence à laquelle doit être enregistré l'émission''' (repeat). Ex tous les samedi et dimanche</li>
</ul>
{{-}}

=== Liste de lecture ===
[[Image:Kaffeine-digital_tv_playlist_en_cours.png|right|300px|Constitution d'une lsite de lecture pendant qu'on regarde un filme]]
La liste de lecture peut être utilisée pour constituer un catalogue de fichiers MP3 et vidéos. Ainsi, il est possible de créer plusieurs playlists (listes de lecture) ou de filtrer celle-ci.
Lorsqu'une vidéo ou que la télévision est en fonctionnement, celle-ci s'affiche en bas à gauche. Cela permet de surveiller la reprise ou de voir au format "timbre poste" une vidéo pendant que l'on constitue une liste de lecture.
{{-}}

=== L'OSD ===
OSD (On Screen Display) se traduit par Menu à l'écran est utilisé sur {{prog|Kaffeine}} pour afficher des informations supplémentaires.

[[Image:kaffeine-digital_tv_on.png|left|300px|Affichage des informations divers de la chaîne TV sur Kaffeine]]
Lorsque l'on clique sur le bouton bleu avec un "i" ou que l'on clique sur {{Menu|DVB -> Show OSD}} (afficher OSD), un petit cadre transparent apparait au dessus de l'émission. Les informations affichées sont : le numéro de la chaîne ainsi que son nom, l'heure actuelle, l'heure à laquelle le programme a commencé ainsi que sa barre de progression puis, l'heure et le nom de l'émission suivante de la chaîne.

Il est possible d'avoir le nom et l'heure des prochaines émissions en cliquant successivement sur {{Menu|DVB -> OSD Next event}} (Prochain évènement) ou de revenir sur un évènement précédent en cliquant sur {{Menu|DVB -> OSD Previous event}} (évènement précédent).
[[Image:kaffeine-digital_tv_on_info_channel.png|right|300px|Affichage en détail la description de l'émission sur Kaffeine]]
De plus, vous pouvez afficher les prochains programmes des autres chaînes en cliquant sur {{Menu|DVB -> OSD Next Chanel}} (OSD des chaînes suivantes) ou {{Menu|DVB -> OSD Previous Chanel}} (pour afficher l'OSD des chaînes précédentes).

En outre, si vous appuyez de nouveau sur le bouton bleu avec le "'''i'''", cela affichera la description complète de l'émission avec le numéro de la chaîne, son nom et l'heure actuelle.
{{-}}

=== Lecteur CD ===

[[Image:kaffeine-audio_cd.png|right|300px|interface du lecteur audio sur Kaffeine]]
L'onglet Audio CD (CD audio) affiche une interface permettant de :
<ul>
<li>'''lire un CD''' (Play CD)</li>
<li>'''encoder un CD''' (convertir un CD)</li>
</ul>
Lorsque l'onglet Audio CD est sélectionné, les champs '''artist''' (artiste), '''album''' et '''track''' (piste) seront vides. Pour écouter un CD il faut cliquer sur le bouton '''Play CD''' (Lire un CD), cela aura pour conséquence de compléter l'ensemble des champs. Sur la droite, en dessous du bandeau audio CD (CD audio) se trouve l'animation audio. Il est possible de la désactiver ou de changer cette animation en effectuant un clic droit sur la visualisation puis {{Menu|Audio Visualization->none}} (visualisation audio->aucun) ou {{Menu|Audio Visualization->goom}} pour activer une visualisation audio.
{{-}}
[[Image:kaffeine-audio_cd_encoding_preference.png|left|200px|Préférence d'encodage d'un CD audio pour kaffeine]]
Le bouton "encode" permet d'encoder au format mp3 ou ogg les pistes qui ont été sélectionnées. Finalement, cet outil permet de convertir un CD pour audio pour que les musiques soient lisibles à partir d'un lecteur MP3.
{{-}}

=== Lecteur DVD ===
[[Image:Kaffeine-lecteur dvd.png|right|300px|Lecteur DVD]]
L'une des plus importante fonctionnalité au sein de {{prog|Kaffeine}} est de lire des DVD. Ce lecteur permet de changer très facilement la piste sonore ou d'ajouter des sous-titres. Ainsi, la première liste déroulante qui est située à côté des contrôles de navigation permet de changer la langue et la seconde liste déroulante permet d'activer ou de choisir des sous-titres.
Les actions qui peuvent être effectuées sur les sous-titres sont :
<ul>
<li>changer l'encodage (exemple : ISO-88591, UTF-8)</li>
<li>changer la taille du texte</li>
<li>ajouter ou enlever un délai au sous-titre</li>
<li>aller à un chapitre suivant ou précédent</li>
</ul>
{{-}}

== Liens ==
* [[Totem]], un autre lecteur multimédia populaire.
* [[VLC]], un Media Player multimédia intégrant de nombreux codecs.
* [http://kaffeine.kde.org/ Site officiel du projet Kaffeine]

== Tutoriels vidéos ==
* [http://www.jefaiscomment.com/tutoriels/gnulinux/mandriva-2010.html Tutoriels vidéos pour Mandriva 2010]

[[Catégorie:KDE]]
[[Catégorie:Audio-Vidéo]]
[[Catégorie:Lecteur multimédia]]
[[Catégorie:Télévision]]

Fichier:Kaffeine écran principal.png

2013-10-15T16:54:34Z

Yannick56 : Écran principal de Kaffeine 1.2.2.

Écran principal de Kaffeine 1.2.2.

Kaffeine

2013-10-15T16:46:38Z

Yannick56 : /* Interface */

{{introduction2|logo_kaffeine_big.png|{{prog|Kaffeine}} est un lecteur multimédia libre complet pour l'environnement graphique [[KDE]]. Il permet de lire des DVD, des VCD, de nombreux fichiers vidéos et d'encoder des CD audio. De plus il est capable d'afficher, d'enregistrer et de diffuser de nombreux flux tel que le [http://fr.wikipedia.org/wiki/Digital_Video_Broadcasting DVB] et le [http://fr.wikipedia.org/wiki/T%C3%A9l%C3%A9vision_num%C3%A9rique_terrestre TNT]. Le lecteur Kaffeine utilise par défaut le moteur [http://fr.wikipedia.org/wiki/Xine xine] mais il peut également utiliser [http://fr.wikipedia.org/wiki/GStreamer GStreamer].
Kaffeine est donc un lecteur multimédia assez puissant qui dispose de nombreuses fonctionnalités et de nombreux paramètres.}}
{{-}}

{{installation|kaffeine}}

== Interface ==
Lorsque vous lancez {{prog|Kaffeine}} sous '''Mageia Linux''' avec [[KDE]], la page de démarrage par défaut affiché est la suivante :

[[Fichier:Kaffeine_écran_principal.png|right|L'interface principale de Kaffeine]]

L'interface principale de {{prog|Kaffeine}} se compose de cinq icônes si on ne possède pas une carte TV. Si le logiciel détecte un tuner TV analogique ou numérique, une sixième icône apparait sur la page de démarrage.

À gauche, au niveau de la barre latérale, nous retrouvons dans l'ordre les onglets suivants:
*'''Démarrer''' qui permet d'accéder facilement aux fonctionnalités du lecteur avec des icônes
*'''Fenêtre de lecteur''' qui permet d'afficher la vidéo en cour de lecture
*'''Liste de lecture''' qui vous aide à organiser votre liste de lecture audio ou vidéo.
*'''CD audio''' qui permet de lire, d'encoder en MP3, Ogg et dans bien d'autres formats vos CD préférés
*'''Télévision''' qui permet de regarder la télé au format analogique ou numérique. C'est l'un des outils les plus puissants dans {{prog|Kaffeine}}.
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== Configuration ==
=== Assistant de configuration ===
[[Image:Kaffeine-wizard-check.png|none|300px|assistant d'installation - check]]
Lorsque {{prog|Kaffeine}} est exécuté pour la première fois, un assistant d'installation apparait. Celui-ci vérifie les éléments installés sur le PC comme la présence du moteur Xine, du lecteur de dvd ou encore d'une carte TV.

[[Image:kaffeine-wizard-options.png|none|300px|assistant d'installation - options]]
Puis lorsque vous cliquez sur le bouton suivant, l'assistant vous propose d'associer les flux streaming de Microsoft, de Real Player et de créer une icône sur votre bureau. Vous cochez toutes les cases et vous cliquez sur : "terminer".
{{-}}

=== Configuration de la télévision avec une carte TNT ===
[[Image:Kaffeine-wizard-settings-dvb-device.png|right|300px|fenêtre de configuration pour le matériel TNT - materiel]]
Si votre ordinateur possède une carte TNT et que celle-ci est détectée par {{prog|Kaffeine}}, une fenêtre de configuration apparait. Il faut alors laisser par défaut le premier onglet : "DVB Device" (matériel de réception TNT). Vous trouverez dans cette onglet des informations sur votre carte TNT comme le nom et le type de la carte qui est '''Terrestrial''' (Terrestre) ou encore la source de réception de la TNT (ex : Rouen). La source est par défaut à '''Auto''' car ça permet de rechercher sur toutes les fréquences les chaînes et donc de pas se soucier de choisir l'antenne la plus proche mais cela a pour conséquence d'allonger le temps pour rechercher les chaînes.

[[Image:Kaffeine-wizard-settings-dvb-recording-4.png|left|300px|fenêtre de configuration pour le matériel TNT - enregistrement]]
L'onglet '''Recording''' permet de définir un dossier spécifique pour chaque type d'enregistrement. Si vous enregistrez en cliquant sur le bouton '''instant record''' (enregistrement instantané), les fichiers seront stockés à l'adresse que vous aurez défini à '''Records directory''' (répertoire d'enregistrement) par contre, si vous décidez d'enregistrer en décalé, le fichier sera conservé à l'emplacement défini par '''time shifting directory'''.

De plus, une marge de début '''begin margin''', de fin '''end margin''' et une durée par défaut '''instant record duration''' peuvent être configurés lorsqu'un enregistrement ponctuellement est effectué en passant par le bouton '''instant record'''. La taille du fichier est par défaut illimité avec l'option '''max filse size=0''' et lorsque qu'un enregistrement est effectué sans passer par la programmation, le nom du fichier est celui qui est affiché par le guide des programmes électronique '''EPG'''.

Pour finir, vous laissez les onglets : '''Broadcasting''', '''Misc''' par défaut et vous validez.
{{-}}

=== Rechercher des chaînes ===
[[Image:Kaffeine-scan_channels_on.png|left|300px|Balayage des chaînes en cours sur kaffeine]]
Afin de profiter de la Télévision Numérique Terrestre (TNT), il faut effectuer une recherche des chaînes. Pour cela, vous cliquez sur {{menu|DVB > Channels}} (DVB Chaînes), puis vous laissez l'option (rechercher sur) '''search on''' sur auto et vous cliquez sur '''démarrer le balayage''' (Start Scan). Le logiciel va donc scanner l'ensemble des canaux TNT. Cette opération peut durer plusieurs minutes.

Une fois que le balayage des chaînes est fini, vous devriez avoir un nombre assez conséquent de chaînes (payante, non payante, HD et non-HD) à gauche avec le '''SNR''' (Signal to Noise Ratio) qui est le rapport signal/bruit et le nom de la chaîne. Il faut donc sélectionner les chaînes qui vous intéressent et les placer dans le cadre à gauche en cliquant sur : (ajouter les fichiers sélectionnés) '''add selected'''. Puis vous cliquez sur : (mise à jour) '''done''' pour valider les chaînes.
{{-}}

== Fonctionnalités ==
=== La télévision par TNT ===
[[Image:Kaffeine-digital_tv_with_channel_icone_complete.png|left|300px|Liste des chaînes avec des icônes sur Kaffeine]]
L'onglet '''digital TV''' (Télévision Numérique) permet d'accéder à l'ensemble des fonctionnalités liés au TNT. On retrouve donc en haut une barre qui contient les icônes '''Channels''' (chaînes), timer (programmation), electronic program guide (guide des programmes électronique, OSD, DVB (configuration DVB) et setting,recall (va-et-viens chaînes). En dessous nous retrouvons une zone qui permet de filtrer les chaine qui doivent être affiché sur la gauche. puis la liste des chaînes avec son numéro associé est affiché. Sur cette liste, vous pouvez classer les chaînes dans l'ordre que vous voulez en éditant le numéro dans la colonne '''number''', vous pouvez également associer à une chaîne une icône en faisant : clique droit sur une chaîne puis (sélectionner une icône) '''select icon'''.
Enfin, tout en bas, le bouton qui représente une disquette permet d'activer '''l'instant record''' (enregistrement instantanée) et le bouton qui représente un écran d'ornidnateur connecté à un réseau permet d'activer le '''broadcasting''' (télédiffusion).
{{-}}

=== L'enregistrement ===
L'enregistrement peut s'effectuer de deux manières.
==== L'enregistrement instantané ====

La première est l'enregistrement instantané qui est représenté par une disquette en bas. Lorsque vous cliquez sur cette icône, cela vous permet d'enregistrer sans passer par une programmation.
{{-}}

==== La programmation ====
Puis la seconde manière est d'effectuer un enregistrement en passant par un programme.
[[Image:Kaffeine-digital_tv_timer.png|right|300px|Liste des chaînes avec des icônes sur Kaffeine]]
Lorsqu'on souhaite effectuer la programmation d'une série, il faut procéder de la manière suivante :
<ul>
<li>'''donner un nom''' (name) à votre émission</li>
<li>'''sélectionner la chaîne''' (channel) que l'on veut enregistrer</li>
<li>'''définir une date de début''' et '''l'heure à laquelle doit commencer l'enregistrement''' (begin)</li>
<li>'''la durée''' (duration). Si on donne une durée, la date et l'heure de fin son automatiquement calculé</li>
<li>'''définir la date et l'heure de fin''' (end). Si on change l'heure de fin, la durée est automatiquement mis à jour</li>
<li>'''la fréquence à laquelle doit être enregistré l'émission''' (repeat). Ex tous les samedi et dimanche</li>
</ul>
{{-}}

=== Liste de lecture ===
[[Image:Kaffeine-digital_tv_playlist_en_cours.png|right|300px|Constitution d'une lsite de lecture pendant qu'on regarde un filme]]
La liste de lecture peut être utilisée pour constituer un catalogue de fichiers MP3 et vidéos. Ainsi, il est possible de créer plusieurs playlists (listes de lecture) ou de filtrer celle-ci.
Lorsqu'une vidéo ou que la télévision est en fonctionnement, celle-ci s'affiche en bas à gauche. Cela permet de surveiller la reprise ou de voir au format "timbre poste" une vidéo pendant que l'on constitue une liste de lecture.
{{-}}

=== L'OSD ===
OSD (On Screen Display) se traduit par Menu à l'écran est utilisé sur {{prog|Kaffeine}} pour afficher des informations supplémentaires.

[[Image:kaffeine-digital_tv_on.png|left|300px|Affichage des informations divers de la chaîne TV sur Kaffeine]]
Lorsque l'on clique sur le bouton bleu avec un "i" ou que l'on clique sur {{Menu|DVB -> Show OSD}} (afficher OSD), un petit cadre transparent apparait au dessus de l'émission. Les informations affichées sont : le numéro de la chaîne ainsi que son nom, l'heure actuelle, l'heure à laquelle le programme a commencé ainsi que sa barre de progression puis, l'heure et le nom de l'émission suivante de la chaîne.

Il est possible d'avoir le nom et l'heure des prochaines émissions en cliquant successivement sur {{Menu|DVB -> OSD Next event}} (Prochain évènement) ou de revenir sur un évènement précédent en cliquant sur {{Menu|DVB -> OSD Previous event}} (évènement précédent).
[[Image:kaffeine-digital_tv_on_info_channel.png|right|300px|Affichage en détail la description de l'émission sur Kaffeine]]
De plus, vous pouvez afficher les prochains programmes des autres chaînes en cliquant sur {{Menu|DVB -> OSD Next Chanel}} (OSD des chaînes suivantes) ou {{Menu|DVB -> OSD Previous Chanel}} (pour afficher l'OSD des chaînes précédentes).

En outre, si vous appuyez de nouveau sur le bouton bleu avec le "'''i'''", cela affichera la description complète de l'émission avec le numéro de la chaîne, son nom et l'heure actuelle.
{{-}}

=== Lecteur CD ===

[[Image:kaffeine-audio_cd.png|right|300px|interface du lecteur audio sur Kaffeine]]
L'onglet Audio CD (CD audio) affiche une interface permettant de :
<ul>
<li>'''lire un CD''' (Play CD)</li>
<li>'''encoder un CD''' (convertir un CD)</li>
</ul>
Lorsque l'onglet Audio CD est sélectionné, les champs '''artist''' (artiste), '''album''' et '''track''' (piste) seront vides. Pour écouter un CD il faut cliquer sur le bouton '''Play CD''' (Lire un CD), cela aura pour conséquence de compléter l'ensemble des champs. Sur la droite, en dessous du bandeau audio CD (CD audio) se trouve l'animation audio. Il est possible de la désactiver ou de changer cette animation en effectuant un clic droit sur la visualisation puis {{Menu|Audio Visualization->none}} (visualisation audio->aucun) ou {{Menu|Audio Visualization->goom}} pour activer une visualisation audio.
{{-}}
[[Image:kaffeine-audio_cd_encoding_preference.png|left|200px|Préférence d'encodage d'un CD audio pour kaffeine]]
Le bouton "encode" permet d'encoder au format mp3 ou ogg les pistes qui ont été sélectionnées. Finalement, cet outil permet de convertir un CD pour audio pour que les musiques soient lisibles à partir d'un lecteur MP3.
{{-}}

=== Lecteur DVD ===
[[Image:Kaffeine-lecteur dvd.png|right|300px|Lecteur DVD]]
L'une des plus importante fonctionnalité au sein de {{prog|Kaffeine}} est de lire des DVD. Ce lecteur permet de changer très facilement la piste sonore ou d'ajouter des sous-titres. Ainsi, la première liste déroulante qui est située à côté des contrôles de navigation permet de changer la langue et la seconde liste déroulante permet d'activer ou de choisir des sous-titres.
Les actions qui peuvent être effectuées sur les sous-titres sont :
<ul>
<li>changer l'encodage (exemple : ISO-88591, UTF-8)</li>
<li>changer la taille du texte</li>
<li>ajouter ou enlever un délai au sous-titre</li>
<li>aller à un chapitre suivant ou précédent</li>
</ul>
{{-}}

== Liens ==
* [[Totem]], un autre lecteur multimédia populaire.
* [[VLC]], un Media Player multimédia intégrant de nombreux codecs.
* [http://kaffeine.kde.org/ Site officiel du projet Kaffeine]

== Tutoriels vidéos ==
* [http://www.jefaiscomment.com/tutoriels/gnulinux/mandriva-2010.html Tutoriels vidéos pour Mandriva 2010]

[[Catégorie:KDE]]
[[Catégorie:Audio-Vidéo]]
[[Catégorie:Lecteur multimédia]]
[[Catégorie:Télévision]]

Kaffeine

2013-10-15T16:45:54Z

Yannick56 : reprise du contenu venant de http://wiki.mandriva.com/fr/Kaffeine sous la meme licence

{{introduction2|logo_kaffeine_big.png|{{prog|Kaffeine}} est un lecteur multimédia libre complet pour l'environnement graphique [[KDE]]. Il permet de lire des DVD, des VCD, de nombreux fichiers vidéos et d'encoder des CD audio. De plus il est capable d'afficher, d'enregistrer et de diffuser de nombreux flux tel que le [http://fr.wikipedia.org/wiki/Digital_Video_Broadcasting DVB] et le [http://fr.wikipedia.org/wiki/T%C3%A9l%C3%A9vision_num%C3%A9rique_terrestre TNT]. Le lecteur Kaffeine utilise par défaut le moteur [http://fr.wikipedia.org/wiki/Xine xine] mais il peut également utiliser [http://fr.wikipedia.org/wiki/GStreamer GStreamer].
Kaffeine est donc un lecteur multimédia assez puissant qui dispose de nombreuses fonctionnalités et de nombreux paramètres.}}
{{-}}

{{installation|kaffeine}}

== Interface ==
Lorsque vous lancez {{prog|Kaffeine}} sous '''Mandriva Linux''' avec [[KDE3]], la page de démarrage par défaut affiché est la suivante :

[[Fichier:Kaffeine_écran_principal.png|right|L'interface principale de Kaffeine]]

L'interface principale de {{prog|Kaffeine}} se compose de cinq icônes si on ne possède pas une carte TV. Si le logiciel détecte un tuner TV analogique ou numérique, une sixième icône apparait sur la page de démarrage.

À gauche, au niveau de la barre latérale, nous retrouvons dans l'ordre les onglets suivants:
*'''Démarrer''' qui permet d'accéder facilement aux fonctionnalités du lecteur avec des icônes
*'''Fenêtre de lecteur''' qui permet d'afficher la vidéo en cour de lecture
*'''Liste de lecture''' qui vous aide à organiser votre liste de lecture audio ou vidéo.
*'''CD audio''' qui permet de lire, d'encoder en MP3, Ogg et dans bien d'autres formats vos CD préférés
*'''Télévision''' qui permet de regarder la télé au format analogique ou numérique. C'est l'un des outils les plus puissants dans {{prog|Kaffeine}}.
{{-}}

== Configuration ==
=== Assistant de configuration ===
[[Image:Kaffeine-wizard-check.png|none|300px|assistant d'installation - check]]
Lorsque {{prog|Kaffeine}} est exécuté pour la première fois, un assistant d'installation apparait. Celui-ci vérifie les éléments installés sur le PC comme la présence du moteur Xine, du lecteur de dvd ou encore d'une carte TV.

[[Image:kaffeine-wizard-options.png|none|300px|assistant d'installation - options]]
Puis lorsque vous cliquez sur le bouton suivant, l'assistant vous propose d'associer les flux streaming de Microsoft, de Real Player et de créer une icône sur votre bureau. Vous cochez toutes les cases et vous cliquez sur : "terminer".
{{-}}

=== Configuration de la télévision avec une carte TNT ===
[[Image:Kaffeine-wizard-settings-dvb-device.png|right|300px|fenêtre de configuration pour le matériel TNT - materiel]]
Si votre ordinateur possède une carte TNT et que celle-ci est détectée par {{prog|Kaffeine}}, une fenêtre de configuration apparait. Il faut alors laisser par défaut le premier onglet : "DVB Device" (matériel de réception TNT). Vous trouverez dans cette onglet des informations sur votre carte TNT comme le nom et le type de la carte qui est '''Terrestrial''' (Terrestre) ou encore la source de réception de la TNT (ex : Rouen). La source est par défaut à '''Auto''' car ça permet de rechercher sur toutes les fréquences les chaînes et donc de pas se soucier de choisir l'antenne la plus proche mais cela a pour conséquence d'allonger le temps pour rechercher les chaînes.

[[Image:Kaffeine-wizard-settings-dvb-recording-4.png|left|300px|fenêtre de configuration pour le matériel TNT - enregistrement]]
L'onglet '''Recording''' permet de définir un dossier spécifique pour chaque type d'enregistrement. Si vous enregistrez en cliquant sur le bouton '''instant record''' (enregistrement instantané), les fichiers seront stockés à l'adresse que vous aurez défini à '''Records directory''' (répertoire d'enregistrement) par contre, si vous décidez d'enregistrer en décalé, le fichier sera conservé à l'emplacement défini par '''time shifting directory'''.

De plus, une marge de début '''begin margin''', de fin '''end margin''' et une durée par défaut '''instant record duration''' peuvent être configurés lorsqu'un enregistrement ponctuellement est effectué en passant par le bouton '''instant record'''. La taille du fichier est par défaut illimité avec l'option '''max filse size=0''' et lorsque qu'un enregistrement est effectué sans passer par la programmation, le nom du fichier est celui qui est affiché par le guide des programmes électronique '''EPG'''.

Pour finir, vous laissez les onglets : '''Broadcasting''', '''Misc''' par défaut et vous validez.
{{-}}

=== Rechercher des chaînes ===
[[Image:Kaffeine-scan_channels_on.png|left|300px|Balayage des chaînes en cours sur kaffeine]]
Afin de profiter de la Télévision Numérique Terrestre (TNT), il faut effectuer une recherche des chaînes. Pour cela, vous cliquez sur {{menu|DVB > Channels}} (DVB Chaînes), puis vous laissez l'option (rechercher sur) '''search on''' sur auto et vous cliquez sur '''démarrer le balayage''' (Start Scan). Le logiciel va donc scanner l'ensemble des canaux TNT. Cette opération peut durer plusieurs minutes.

Une fois que le balayage des chaînes est fini, vous devriez avoir un nombre assez conséquent de chaînes (payante, non payante, HD et non-HD) à gauche avec le '''SNR''' (Signal to Noise Ratio) qui est le rapport signal/bruit et le nom de la chaîne. Il faut donc sélectionner les chaînes qui vous intéressent et les placer dans le cadre à gauche en cliquant sur : (ajouter les fichiers sélectionnés) '''add selected'''. Puis vous cliquez sur : (mise à jour) '''done''' pour valider les chaînes.
{{-}}

== Fonctionnalités ==
=== La télévision par TNT ===
[[Image:Kaffeine-digital_tv_with_channel_icone_complete.png|left|300px|Liste des chaînes avec des icônes sur Kaffeine]]
L'onglet '''digital TV''' (Télévision Numérique) permet d'accéder à l'ensemble des fonctionnalités liés au TNT. On retrouve donc en haut une barre qui contient les icônes '''Channels''' (chaînes), timer (programmation), electronic program guide (guide des programmes électronique, OSD, DVB (configuration DVB) et setting,recall (va-et-viens chaînes). En dessous nous retrouvons une zone qui permet de filtrer les chaine qui doivent être affiché sur la gauche. puis la liste des chaînes avec son numéro associé est affiché. Sur cette liste, vous pouvez classer les chaînes dans l'ordre que vous voulez en éditant le numéro dans la colonne '''number''', vous pouvez également associer à une chaîne une icône en faisant : clique droit sur une chaîne puis (sélectionner une icône) '''select icon'''.
Enfin, tout en bas, le bouton qui représente une disquette permet d'activer '''l'instant record''' (enregistrement instantanée) et le bouton qui représente un écran d'ornidnateur connecté à un réseau permet d'activer le '''broadcasting''' (télédiffusion).
{{-}}

=== L'enregistrement ===
L'enregistrement peut s'effectuer de deux manières.
==== L'enregistrement instantané ====

La première est l'enregistrement instantané qui est représenté par une disquette en bas. Lorsque vous cliquez sur cette icône, cela vous permet d'enregistrer sans passer par une programmation.
{{-}}

==== La programmation ====
Puis la seconde manière est d'effectuer un enregistrement en passant par un programme.
[[Image:Kaffeine-digital_tv_timer.png|right|300px|Liste des chaînes avec des icônes sur Kaffeine]]
Lorsqu'on souhaite effectuer la programmation d'une série, il faut procéder de la manière suivante :
<ul>
<li>'''donner un nom''' (name) à votre émission</li>
<li>'''sélectionner la chaîne''' (channel) que l'on veut enregistrer</li>
<li>'''définir une date de début''' et '''l'heure à laquelle doit commencer l'enregistrement''' (begin)</li>
<li>'''la durée''' (duration). Si on donne une durée, la date et l'heure de fin son automatiquement calculé</li>
<li>'''définir la date et l'heure de fin''' (end). Si on change l'heure de fin, la durée est automatiquement mis à jour</li>
<li>'''la fréquence à laquelle doit être enregistré l'émission''' (repeat). Ex tous les samedi et dimanche</li>
</ul>
{{-}}

=== Liste de lecture ===
[[Image:Kaffeine-digital_tv_playlist_en_cours.png|right|300px|Constitution d'une lsite de lecture pendant qu'on regarde un filme]]
La liste de lecture peut être utilisée pour constituer un catalogue de fichiers MP3 et vidéos. Ainsi, il est possible de créer plusieurs playlists (listes de lecture) ou de filtrer celle-ci.
Lorsqu'une vidéo ou que la télévision est en fonctionnement, celle-ci s'affiche en bas à gauche. Cela permet de surveiller la reprise ou de voir au format "timbre poste" une vidéo pendant que l'on constitue une liste de lecture.
{{-}}

=== L'OSD ===
OSD (On Screen Display) se traduit par Menu à l'écran est utilisé sur {{prog|Kaffeine}} pour afficher des informations supplémentaires.

[[Image:kaffeine-digital_tv_on.png|left|300px|Affichage des informations divers de la chaîne TV sur Kaffeine]]
Lorsque l'on clique sur le bouton bleu avec un "i" ou que l'on clique sur {{Menu|DVB -> Show OSD}} (afficher OSD), un petit cadre transparent apparait au dessus de l'émission. Les informations affichées sont : le numéro de la chaîne ainsi que son nom, l'heure actuelle, l'heure à laquelle le programme a commencé ainsi que sa barre de progression puis, l'heure et le nom de l'émission suivante de la chaîne.

Il est possible d'avoir le nom et l'heure des prochaines émissions en cliquant successivement sur {{Menu|DVB -> OSD Next event}} (Prochain évènement) ou de revenir sur un évènement précédent en cliquant sur {{Menu|DVB -> OSD Previous event}} (évènement précédent).
[[Image:kaffeine-digital_tv_on_info_channel.png|right|300px|Affichage en détail la description de l'émission sur Kaffeine]]
De plus, vous pouvez afficher les prochains programmes des autres chaînes en cliquant sur {{Menu|DVB -> OSD Next Chanel}} (OSD des chaînes suivantes) ou {{Menu|DVB -> OSD Previous Chanel}} (pour afficher l'OSD des chaînes précédentes).

En outre, si vous appuyez de nouveau sur le bouton bleu avec le "'''i'''", cela affichera la description complète de l'émission avec le numéro de la chaîne, son nom et l'heure actuelle.
{{-}}

=== Lecteur CD ===

[[Image:kaffeine-audio_cd.png|right|300px|interface du lecteur audio sur Kaffeine]]
L'onglet Audio CD (CD audio) affiche une interface permettant de :
<ul>
<li>'''lire un CD''' (Play CD)</li>
<li>'''encoder un CD''' (convertir un CD)</li>
</ul>
Lorsque l'onglet Audio CD est sélectionné, les champs '''artist''' (artiste), '''album''' et '''track''' (piste) seront vides. Pour écouter un CD il faut cliquer sur le bouton '''Play CD''' (Lire un CD), cela aura pour conséquence de compléter l'ensemble des champs. Sur la droite, en dessous du bandeau audio CD (CD audio) se trouve l'animation audio. Il est possible de la désactiver ou de changer cette animation en effectuant un clic droit sur la visualisation puis {{Menu|Audio Visualization->none}} (visualisation audio->aucun) ou {{Menu|Audio Visualization->goom}} pour activer une visualisation audio.
{{-}}
[[Image:kaffeine-audio_cd_encoding_preference.png|left|200px|Préférence d'encodage d'un CD audio pour kaffeine]]
Le bouton "encode" permet d'encoder au format mp3 ou ogg les pistes qui ont été sélectionnées. Finalement, cet outil permet de convertir un CD pour audio pour que les musiques soient lisibles à partir d'un lecteur MP3.
{{-}}

=== Lecteur DVD ===
[[Image:Kaffeine-lecteur dvd.png|right|300px|Lecteur DVD]]
L'une des plus importante fonctionnalité au sein de {{prog|Kaffeine}} est de lire des DVD. Ce lecteur permet de changer très facilement la piste sonore ou d'ajouter des sous-titres. Ainsi, la première liste déroulante qui est située à côté des contrôles de navigation permet de changer la langue et la seconde liste déroulante permet d'activer ou de choisir des sous-titres.
Les actions qui peuvent être effectuées sur les sous-titres sont :
<ul>
<li>changer l'encodage (exemple : ISO-88591, UTF-8)</li>
<li>changer la taille du texte</li>
<li>ajouter ou enlever un délai au sous-titre</li>
<li>aller à un chapitre suivant ou précédent</li>
</ul>
{{-}}

== Liens ==
* [[Totem]], un autre lecteur multimédia populaire.
* [[VLC]], un Media Player multimédia intégrant de nombreux codecs.
* [http://kaffeine.kde.org/ Site officiel du projet Kaffeine]

== Tutoriels vidéos ==
* [http://www.jefaiscomment.com/tutoriels/gnulinux/mandriva-2010.html Tutoriels vidéos pour Mandriva 2010]

[[Catégorie:KDE]]
[[Catégorie:Audio-Vidéo]]
[[Catégorie:Lecteur multimédia]]
[[Catégorie:Télévision]]

Code Saturne 3

2013-08-16T12:01:44Z

Yannick56 : /* Bibliothèques optionnelles */ ajout nouveau lien med

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve directement à http://files.salome-platform.org/Salome/other/med-3.0.6.tar.gz
ou dans l'archive des sources de Code Aster

Pour ce dernier, pour l'extraire d’après http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles supplémentaires ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes >= 4.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes/syrthes-telechargement-280982.html puis prendre les 4 fichiers de la version Debian.

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

En plus du make de mageia3, vous aurez besoin de cmake pour compiler les librairies Metis et CGNSlib :
urpmi cmake

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies (dont python-matplotlib)
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

Mageia 32bits :
urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils python-matplotlib

Mageia 64bits :
urpmi python lib64python2.7 lib64python-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
lib64qt3support4 lib64qt4-devel lib64qtcore4 lib64qtdbus4 lib64qtdesigner4 lib64qtgui4 lib64qthelp4 lib64qtmultimedia4 lib64qtnetwork4 lib64qtopengl4 \ 
lib64qtscript4 lib64qtscripttools4 lib64qtxml4 lib64qtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
lib64xml2_2 lib64xml2-devel libxml2-python libxml2-utils python-matplotlib

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

-si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus :
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

-si vous avez Mageia en 64bits, exécutez les commandes ci-dessous :
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

suite des commandes pour Mageia 32 ou 64 bits :
cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/lib
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0/lib
cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3/lib
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

* test du préprocessseur
/opt/code_saturne-3.0.1/libexec/code_saturne/cs_preprocess
L'affichage du résultat doit être du genre suivi les options compilés :
.--------------------------------.
| |
| Préprocesseur Code_Saturne |
| |
`--------------------------------'
code_saturne version 3.0.1 (compilée le mar. 30 juil. 2013 16:55:30 CEST)
Support du format de fichiers STAR-CCM+
Support du format de fichiers CGNS 3.1.4
Support du format de fichiers MED 3.0.6 (HDF5 1.8.9)
Lecture de fichiers compressés ('.gz') avec Zlib 1.2.7

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

'''Note importante''' :
La commande
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne autovnv
ne fonctionne pas pour l'instant parce que le module vtk pour Python (python-vtk) n'existe pas sur Mageia 3 et génère l'erreur :
Traceback (most recent call last):
File "/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne", line 77, in <module>
retcode = cs.execute()
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/cs_script.py", line 73, in execute
return self.commands[command](options)
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/cs_script.py", line 100, in autovnv
import cs_autovnv
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/cs_autovnv.py", line 55, in <module>
from autovnv.Study import Studies
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/autovnv/Study.py", line 45, in <module>
from autovnv.PlotVTK import PlotVTK
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/autovnv/PlotVTK.py", line 36, in <module>
import vtk
ImportError: No module named vtk

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

gunzip -S .zip syrthes4.1.1-debian.tgz.part*.zip
cat syrthes4.1.1-debian.tgz.part* >> syrthes4.1.1-debian.tgz
tar xvfz syrthes4.1.1-debian.tgz

cd syrthes4.1.1-debian/src/syrthes-install/
cp -p setup.ini setup.ini.ORI
vi setup.ini

Modifiez le fichier setup.ini comme les parties en gras ci-dessous :

#--------------------------------------------------------
# Architecture Name
#--------------------------------------------------------
#nom_arch Linux_x86_64 <- for specific architecture
#nom_arch <- leave empty for automatic default
# value (based on uname)
nom_arch
#
#--------------------------------------------------------
# C compiler (sequential)
#--------------------------------------------------------
#compC /home/toto/gcc-x.y.z/gcc <- for specific C compiler
#compCX /home/toto/gcc-x.y.z/g++ <- for specific C++ compiler (only needed for MPI installation)
#compC gcc <- leave gcc for automatic default
#compCX g++ <- leave g++ for automatic default
#
compC gcc
compCX g++
#
# Specific options for compiler
#specific_inc= -I /myinclude/inc -I /myinclude2/inc
#specific_lib= -L /mylib/lib1 -L /mylib/lib2
#specific_debug= -g
#specific_option= -D _SYRTHES_MPI_IO_
#
# parallel compilation
#specific_makej= -j8
#
#--------------------------------------------------------
# Graphical user Interface
#--------------------------------------------------------
gui INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Interpreted functions
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# interpreted function module - SYRTHES - sequential version
syrthesppfunc INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - kernel - sequential version
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# SYRTHES - sequential version
syrthesseq INSTALL=yes
#
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - tools for meshes and results conversions
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# for MED format conversion : choose to istall or the path to the libraries
'''#hdf5 USE=yes INSTALL=yes'''
#hdf5 USE=no INSTALL=no
#hdf5 USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/hdf5-1.8.8/arch/MY_ARCH
'''hdf5 USE=yes INSTALL=no'''
#
#
'''#med USE=yes INSTALL=yes'''
#med USE=no INSTALL=no
#med USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/med-3.0.6/arch/MY_ARCH
'''med USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6'''
#
#
# Answer by yes or no
#
# mesh format conversion tool
syrthesconvert INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> Paraview/Ensight
syrthesensight INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> SALOME-MED
syrthesmed INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - parall version (optional)
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
# mpi is required, metis AND/OR scotch are required
#
'''#mpi USE=yes INSTALL=yes'''
#mpi USE=no INSTALL=no
#mpi USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/openmpi-1.4.3/arch/MY_ARCH
''' mpi USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib//openmpi-1.6.5'''
#
'''#metis USE=yes INSTALL=yes'''
#metis USE=no INSTALL=no
#metis USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/metis-5.0.2/arch/MY_ARCH
'''metis USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0'''
#
'''#scotch USE=yes INSTALL=yes'''
#scotch USE=no INSTALL=no
#scotch USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/scotch_5.1.12b/arch/MY_ARCH
'''scotch USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0'''
#
# Answer by yes or no
#
# mesh partitionning - SYRTHES parallel version - rebuilding results file
syrthespp INSTALL=yes
syrthesmpi INSTALL=yes
syrthespost INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Optional extern libraries
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# BLAS Linear algebra library
blas USE=no INSTALL=no
#blas USE=yes PATH=/home/...
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES for coupling with Code-Saturne (optional)
#--------------------------------------------------------
# Warning : MPI installation must be defined before
#
'''#ple USE=no'''
#ple USE=yes PATH=/.../saturne/opt/libple-1.0/arch/MY_ARCH
'''ple USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3'''
#
'''#syrthescfd INSTALL=no'''
'''syrthescfd INSTALL=yes'''
#
#

./syrthes_install.py
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/
ls

Commande pour Mageia 64bits :
cd Linux_x86_64
Commande pour Mageia 32bits (remplacer Linux_i586 ci-dessous par le nom exact du répertoire) :
cd Linux_i586

Reprise des commandes pour Mageia 32 et 64bits :
cp -p -r * /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/lib

cd /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
Editez le fichier syrthes.profile et remplacez la ligne :
SYRTHES4_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/Linux_x86_64
par
SYRTHES4_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

=== 4) Definition des variables d'environnement ===

Afin d'éviter d'indiquer chaque fois le chemin complet vers les binaires ou scripts de Code_Saturne, il est nécessaire : 
- soit d'utiliser un script setenv.sh qui sera à lancer une fois au début de votre travail avec Code_Saturne dans un seul et meme terminal ou 
- soit mettre ces variables d'environnement dans le fichier .bashprofile dans votre repertoire HOME et le travail sera fait une fois pour toutes. 
Voici comment mettre en oeuvre ces 2 solutions :

* création du fichier de chargement des variables d'environnements de Code Saturne dans /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh et mettez-y les lignes ci-dessous :
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile
Rendre executable le fichier
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh

* modification du fichier bashprofile du compte utilisateur
cd
vi .bashprofile
et mettez tout à la fin de ce fichier les lignes suivantes
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile

Code Saturne 3

2013-08-14T12:03:57Z

Yannick56 : /* 2) Test du binaire Code Saturne */

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles supplémentaires ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes >= 4.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes/syrthes-telechargement-280982.html puis prendre les 4 fichiers de la version Debian.

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

En plus du make de mageia3, vous aurez besoin de cmake pour compiler les librairies Metis et CGNSlib :
urpmi cmake

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies (dont python-matplotlib)
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

Mageia 32bits :
urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils python-matplotlib

Mageia 64bits :
urpmi python lib64python2.7 lib64python-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
lib64qt3support4 lib64qt4-devel lib64qtcore4 lib64qtdbus4 lib64qtdesigner4 lib64qtgui4 lib64qthelp4 lib64qtmultimedia4 lib64qtnetwork4 lib64qtopengl4 \ 
lib64qtscript4 lib64qtscripttools4 lib64qtxml4 lib64qtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
lib64xml2_2 lib64xml2-devel libxml2-python libxml2-utils python-matplotlib

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

-si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus :
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

-si vous avez Mageia en 64bits, exécutez les commandes ci-dessous :
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

suite des commandes pour Mageia 32 ou 64 bits :
cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/lib
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0/lib
cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3/lib
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

* test du préprocessseur
/opt/code_saturne-3.0.1/libexec/code_saturne/cs_preprocess
L'affichage du résultat doit être du genre suivi les options compilés :
.--------------------------------.
| |
| Préprocesseur Code_Saturne |
| |
`--------------------------------'
code_saturne version 3.0.1 (compilée le mar. 30 juil. 2013 16:55:30 CEST)
Support du format de fichiers STAR-CCM+
Support du format de fichiers CGNS 3.1.4
Support du format de fichiers MED 3.0.6 (HDF5 1.8.9)
Lecture de fichiers compressés ('.gz') avec Zlib 1.2.7

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

'''Note importante''' :
La commande
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne autovnv
ne fonctionne pas pour l'instant parce que le module vtk pour Python (python-vtk) n'existe pas sur Mageia 3 et génère l'erreur :
Traceback (most recent call last):
File "/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne", line 77, in <module>
retcode = cs.execute()
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/cs_script.py", line 73, in execute
return self.commands[command](options)
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/cs_script.py", line 100, in autovnv
import cs_autovnv
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/cs_autovnv.py", line 55, in <module>
from autovnv.Study import Studies
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/autovnv/Study.py", line 45, in <module>
from autovnv.PlotVTK import PlotVTK
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/autovnv/PlotVTK.py", line 36, in <module>
import vtk
ImportError: No module named vtk

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

gunzip -S .zip syrthes4.1.1-debian.tgz.part*.zip
cat syrthes4.1.1-debian.tgz.part* >> syrthes4.1.1-debian.tgz
tar xvfz syrthes4.1.1-debian.tgz

cd syrthes4.1.1-debian/src/syrthes-install/
cp -p setup.ini setup.ini.ORI
vi setup.ini

Modifiez le fichier setup.ini comme les parties en gras ci-dessous :

#--------------------------------------------------------
# Architecture Name
#--------------------------------------------------------
#nom_arch Linux_x86_64 <- for specific architecture
#nom_arch <- leave empty for automatic default
# value (based on uname)
nom_arch
#
#--------------------------------------------------------
# C compiler (sequential)
#--------------------------------------------------------
#compC /home/toto/gcc-x.y.z/gcc <- for specific C compiler
#compCX /home/toto/gcc-x.y.z/g++ <- for specific C++ compiler (only needed for MPI installation)
#compC gcc <- leave gcc for automatic default
#compCX g++ <- leave g++ for automatic default
#
compC gcc
compCX g++
#
# Specific options for compiler
#specific_inc= -I /myinclude/inc -I /myinclude2/inc
#specific_lib= -L /mylib/lib1 -L /mylib/lib2
#specific_debug= -g
#specific_option= -D _SYRTHES_MPI_IO_
#
# parallel compilation
#specific_makej= -j8
#
#--------------------------------------------------------
# Graphical user Interface
#--------------------------------------------------------
gui INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Interpreted functions
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# interpreted function module - SYRTHES - sequential version
syrthesppfunc INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - kernel - sequential version
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# SYRTHES - sequential version
syrthesseq INSTALL=yes
#
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - tools for meshes and results conversions
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# for MED format conversion : choose to istall or the path to the libraries
'''#hdf5 USE=yes INSTALL=yes'''
#hdf5 USE=no INSTALL=no
#hdf5 USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/hdf5-1.8.8/arch/MY_ARCH
'''hdf5 USE=yes INSTALL=no'''
#
#
'''#med USE=yes INSTALL=yes'''
#med USE=no INSTALL=no
#med USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/med-3.0.6/arch/MY_ARCH
'''med USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6'''
#
#
# Answer by yes or no
#
# mesh format conversion tool
syrthesconvert INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> Paraview/Ensight
syrthesensight INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> SALOME-MED
syrthesmed INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - parall version (optional)
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
# mpi is required, metis AND/OR scotch are required
#
'''#mpi USE=yes INSTALL=yes'''
#mpi USE=no INSTALL=no
#mpi USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/openmpi-1.4.3/arch/MY_ARCH
''' mpi USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib//openmpi-1.6.5'''
#
'''#metis USE=yes INSTALL=yes'''
#metis USE=no INSTALL=no
#metis USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/metis-5.0.2/arch/MY_ARCH
'''metis USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0'''
#
'''#scotch USE=yes INSTALL=yes'''
#scotch USE=no INSTALL=no
#scotch USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/scotch_5.1.12b/arch/MY_ARCH
'''scotch USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0'''
#
# Answer by yes or no
#
# mesh partitionning - SYRTHES parallel version - rebuilding results file
syrthespp INSTALL=yes
syrthesmpi INSTALL=yes
syrthespost INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Optional extern libraries
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# BLAS Linear algebra library
blas USE=no INSTALL=no
#blas USE=yes PATH=/home/...
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES for coupling with Code-Saturne (optional)
#--------------------------------------------------------
# Warning : MPI installation must be defined before
#
'''#ple USE=no'''
#ple USE=yes PATH=/.../saturne/opt/libple-1.0/arch/MY_ARCH
'''ple USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3'''
#
'''#syrthescfd INSTALL=no'''
'''syrthescfd INSTALL=yes'''
#
#

./syrthes_install.py
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/
ls

Commande pour Mageia 64bits :
cd Linux_x86_64
Commande pour Mageia 32bits (remplacer Linux_i586 ci-dessous par le nom exact du répertoire) :
cd Linux_i586

Reprise des commandes pour Mageia 32 et 64bits :
cp -p -r * /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/lib

cd /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
Editez le fichier syrthes.profile et remplacez la ligne :
SYRTHES4_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/Linux_x86_64
par
SYRTHES4_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

=== 4) Definition des variables d'environnement ===

Afin d'éviter d'indiquer chaque fois le chemin complet vers les binaires ou scripts de Code_Saturne, il est nécessaire : 
- soit d'utiliser un script setenv.sh qui sera à lancer une fois au début de votre travail avec Code_Saturne dans un seul et meme terminal ou 
- soit mettre ces variables d'environnement dans le fichier .bashprofile dans votre repertoire HOME et le travail sera fait une fois pour toutes. 
Voici comment mettre en oeuvre ces 2 solutions :

* création du fichier de chargement des variables d'environnements de Code Saturne dans /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh et mettez-y les lignes ci-dessous :
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile
Rendre executable le fichier
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh

* modification du fichier bashprofile du compte utilisateur
cd
vi .bashprofile
et mettez tout à la fin de ce fichier les lignes suivantes
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile

Code Saturne 3

2013-08-14T12:03:12Z

Yannick56 : /* 2) Test du binaire Code Saturne */ ajout test du préprocessseur

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles supplémentaires ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes >= 4.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes/syrthes-telechargement-280982.html puis prendre les 4 fichiers de la version Debian.

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

En plus du make de mageia3, vous aurez besoin de cmake pour compiler les librairies Metis et CGNSlib :
urpmi cmake

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies (dont python-matplotlib)
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

Mageia 32bits :
urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils python-matplotlib

Mageia 64bits :
urpmi python lib64python2.7 lib64python-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
lib64qt3support4 lib64qt4-devel lib64qtcore4 lib64qtdbus4 lib64qtdesigner4 lib64qtgui4 lib64qthelp4 lib64qtmultimedia4 lib64qtnetwork4 lib64qtopengl4 \ 
lib64qtscript4 lib64qtscripttools4 lib64qtxml4 lib64qtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
lib64xml2_2 lib64xml2-devel libxml2-python libxml2-utils python-matplotlib

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

-si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus :
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

-si vous avez Mageia en 64bits, exécutez les commandes ci-dessous :
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

suite des commandes pour Mageia 32 ou 64 bits :
cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/lib
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0/lib
cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3/lib
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

* test du préprocessseur
/opt/code_saturne-3.0.1/libexec/code_saturne/cs_preprocess
L'affichage du résultat doit être du genre suivi les options compilés :
.--------------------------------.
| |
| Préprocesseur Code_Saturne |
| |
`--------------------------------'

code_saturne version 3.0.1 (compilée le mar. 30 juil. 2013 16:55:30 CEST)

Support du format de fichiers STAR-CCM+
Support du format de fichiers CGNS 3.1.4
Support du format de fichiers MED 3.0.6 (HDF5 1.8.9)
Lecture de fichiers compressés ('.gz') avec Zlib 1.2.7

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

'''Note importante''' :
La commande
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne autovnv
ne fonctionne pas pour l'instant parce que le module vtk pour Python (python-vtk) n'existe pas sur Mageia 3 et génère l'erreur :
Traceback (most recent call last):
File "/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne", line 77, in <module>
retcode = cs.execute()
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/cs_script.py", line 73, in execute
return self.commands[command](options)
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/cs_script.py", line 100, in autovnv
import cs_autovnv
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/cs_autovnv.py", line 55, in <module>
from autovnv.Study import Studies
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/autovnv/Study.py", line 45, in <module>
from autovnv.PlotVTK import PlotVTK
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/autovnv/PlotVTK.py", line 36, in <module>
import vtk
ImportError: No module named vtk

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

gunzip -S .zip syrthes4.1.1-debian.tgz.part*.zip
cat syrthes4.1.1-debian.tgz.part* >> syrthes4.1.1-debian.tgz
tar xvfz syrthes4.1.1-debian.tgz

cd syrthes4.1.1-debian/src/syrthes-install/
cp -p setup.ini setup.ini.ORI
vi setup.ini

Modifiez le fichier setup.ini comme les parties en gras ci-dessous :

#--------------------------------------------------------
# Architecture Name
#--------------------------------------------------------
#nom_arch Linux_x86_64 <- for specific architecture
#nom_arch <- leave empty for automatic default
# value (based on uname)
nom_arch
#
#--------------------------------------------------------
# C compiler (sequential)
#--------------------------------------------------------
#compC /home/toto/gcc-x.y.z/gcc <- for specific C compiler
#compCX /home/toto/gcc-x.y.z/g++ <- for specific C++ compiler (only needed for MPI installation)
#compC gcc <- leave gcc for automatic default
#compCX g++ <- leave g++ for automatic default
#
compC gcc
compCX g++
#
# Specific options for compiler
#specific_inc= -I /myinclude/inc -I /myinclude2/inc
#specific_lib= -L /mylib/lib1 -L /mylib/lib2
#specific_debug= -g
#specific_option= -D _SYRTHES_MPI_IO_
#
# parallel compilation
#specific_makej= -j8
#
#--------------------------------------------------------
# Graphical user Interface
#--------------------------------------------------------
gui INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Interpreted functions
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# interpreted function module - SYRTHES - sequential version
syrthesppfunc INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - kernel - sequential version
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# SYRTHES - sequential version
syrthesseq INSTALL=yes
#
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - tools for meshes and results conversions
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# for MED format conversion : choose to istall or the path to the libraries
'''#hdf5 USE=yes INSTALL=yes'''
#hdf5 USE=no INSTALL=no
#hdf5 USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/hdf5-1.8.8/arch/MY_ARCH
'''hdf5 USE=yes INSTALL=no'''
#
#
'''#med USE=yes INSTALL=yes'''
#med USE=no INSTALL=no
#med USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/med-3.0.6/arch/MY_ARCH
'''med USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6'''
#
#
# Answer by yes or no
#
# mesh format conversion tool
syrthesconvert INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> Paraview/Ensight
syrthesensight INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> SALOME-MED
syrthesmed INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - parall version (optional)
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
# mpi is required, metis AND/OR scotch are required
#
'''#mpi USE=yes INSTALL=yes'''
#mpi USE=no INSTALL=no
#mpi USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/openmpi-1.4.3/arch/MY_ARCH
''' mpi USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib//openmpi-1.6.5'''
#
'''#metis USE=yes INSTALL=yes'''
#metis USE=no INSTALL=no
#metis USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/metis-5.0.2/arch/MY_ARCH
'''metis USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0'''
#
'''#scotch USE=yes INSTALL=yes'''
#scotch USE=no INSTALL=no
#scotch USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/scotch_5.1.12b/arch/MY_ARCH
'''scotch USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0'''
#
# Answer by yes or no
#
# mesh partitionning - SYRTHES parallel version - rebuilding results file
syrthespp INSTALL=yes
syrthesmpi INSTALL=yes
syrthespost INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Optional extern libraries
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# BLAS Linear algebra library
blas USE=no INSTALL=no
#blas USE=yes PATH=/home/...
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES for coupling with Code-Saturne (optional)
#--------------------------------------------------------
# Warning : MPI installation must be defined before
#
'''#ple USE=no'''
#ple USE=yes PATH=/.../saturne/opt/libple-1.0/arch/MY_ARCH
'''ple USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3'''
#
'''#syrthescfd INSTALL=no'''
'''syrthescfd INSTALL=yes'''
#
#

./syrthes_install.py
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/
ls

Commande pour Mageia 64bits :
cd Linux_x86_64
Commande pour Mageia 32bits (remplacer Linux_i586 ci-dessous par le nom exact du répertoire) :
cd Linux_i586

Reprise des commandes pour Mageia 32 et 64bits :
cp -p -r * /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/lib

cd /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
Editez le fichier syrthes.profile et remplacez la ligne :
SYRTHES4_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/Linux_x86_64
par
SYRTHES4_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

=== 4) Definition des variables d'environnement ===

Afin d'éviter d'indiquer chaque fois le chemin complet vers les binaires ou scripts de Code_Saturne, il est nécessaire : 
- soit d'utiliser un script setenv.sh qui sera à lancer une fois au début de votre travail avec Code_Saturne dans un seul et meme terminal ou 
- soit mettre ces variables d'environnement dans le fichier .bashprofile dans votre repertoire HOME et le travail sera fait une fois pour toutes. 
Voici comment mettre en oeuvre ces 2 solutions :

* création du fichier de chargement des variables d'environnements de Code Saturne dans /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh et mettez-y les lignes ci-dessous :
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile
Rendre executable le fichier
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh

* modification du fichier bashprofile du compte utilisateur
cd
vi .bashprofile
et mettez tout à la fin de ce fichier les lignes suivantes
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile

Code Saturne 3

2013-07-30T17:10:32Z

Yannick56 : /* 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) */ ajout verifications

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles supplémentaires ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes >= 4.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes/syrthes-telechargement-280982.html puis prendre les 4 fichiers de la version Debian.

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

En plus du make de mageia3, vous aurez besoin de cmake pour compiler les librairies Metis et CGNSlib :
urpmi cmake

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies (dont python-matplotlib)
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

Mageia 32bits :
urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils python-matplotlib

Mageia 64bits :
urpmi python lib64python2.7 lib64python-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
lib64qt3support4 lib64qt4-devel lib64qtcore4 lib64qtdbus4 lib64qtdesigner4 lib64qtgui4 lib64qthelp4 lib64qtmultimedia4 lib64qtnetwork4 lib64qtopengl4 \ 
lib64qtscript4 lib64qtscripttools4 lib64qtxml4 lib64qtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
lib64xml2_2 lib64xml2-devel libxml2-python libxml2-utils python-matplotlib

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

-si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus :
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

-si vous avez Mageia en 64bits, exécutez les commandes ci-dessous :
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

suite des commandes pour Mageia 32 ou 64 bits :
cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/lib
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0/lib
cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3/lib
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

'''Note importante''' :
La commande
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne autovnv
ne fonctionne pas pour l'instant parce que le module vtk pour Python (python-vtk) n'existe pas sur Mageia 3 et génère l'erreur :
Traceback (most recent call last):
File "/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne", line 77, in <module>
retcode = cs.execute()
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/cs_script.py", line 73, in execute
return self.commands[command](options)
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/cs_script.py", line 100, in autovnv
import cs_autovnv
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/cs_autovnv.py", line 55, in <module>
from autovnv.Study import Studies
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/autovnv/Study.py", line 45, in <module>
from autovnv.PlotVTK import PlotVTK
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/autovnv/PlotVTK.py", line 36, in <module>
import vtk
ImportError: No module named vtk

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

gunzip -S .zip syrthes4.1.1-debian.tgz.part*.zip
cat syrthes4.1.1-debian.tgz.part* >> syrthes4.1.1-debian.tgz
tar xvfz syrthes4.1.1-debian.tgz

cd syrthes4.1.1-debian/src/syrthes-install/
cp -p setup.ini setup.ini.ORI
vi setup.ini

Modifiez le fichier setup.ini comme les parties en gras ci-dessous :

#--------------------------------------------------------
# Architecture Name
#--------------------------------------------------------
#nom_arch Linux_x86_64 <- for specific architecture
#nom_arch <- leave empty for automatic default
# value (based on uname)
nom_arch
#
#--------------------------------------------------------
# C compiler (sequential)
#--------------------------------------------------------
#compC /home/toto/gcc-x.y.z/gcc <- for specific C compiler
#compCX /home/toto/gcc-x.y.z/g++ <- for specific C++ compiler (only needed for MPI installation)
#compC gcc <- leave gcc for automatic default
#compCX g++ <- leave g++ for automatic default
#
compC gcc
compCX g++
#
# Specific options for compiler
#specific_inc= -I /myinclude/inc -I /myinclude2/inc
#specific_lib= -L /mylib/lib1 -L /mylib/lib2
#specific_debug= -g
#specific_option= -D _SYRTHES_MPI_IO_
#
# parallel compilation
#specific_makej= -j8
#
#--------------------------------------------------------
# Graphical user Interface
#--------------------------------------------------------
gui INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Interpreted functions
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# interpreted function module - SYRTHES - sequential version
syrthesppfunc INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - kernel - sequential version
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# SYRTHES - sequential version
syrthesseq INSTALL=yes
#
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - tools for meshes and results conversions
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# for MED format conversion : choose to istall or the path to the libraries
'''#hdf5 USE=yes INSTALL=yes'''
#hdf5 USE=no INSTALL=no
#hdf5 USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/hdf5-1.8.8/arch/MY_ARCH
'''hdf5 USE=yes INSTALL=no'''
#
#
'''#med USE=yes INSTALL=yes'''
#med USE=no INSTALL=no
#med USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/med-3.0.6/arch/MY_ARCH
'''med USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6'''
#
#
# Answer by yes or no
#
# mesh format conversion tool
syrthesconvert INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> Paraview/Ensight
syrthesensight INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> SALOME-MED
syrthesmed INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - parall version (optional)
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
# mpi is required, metis AND/OR scotch are required
#
'''#mpi USE=yes INSTALL=yes'''
#mpi USE=no INSTALL=no
#mpi USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/openmpi-1.4.3/arch/MY_ARCH
''' mpi USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib//openmpi-1.6.5'''
#
'''#metis USE=yes INSTALL=yes'''
#metis USE=no INSTALL=no
#metis USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/metis-5.0.2/arch/MY_ARCH
'''metis USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0'''
#
'''#scotch USE=yes INSTALL=yes'''
#scotch USE=no INSTALL=no
#scotch USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/scotch_5.1.12b/arch/MY_ARCH
'''scotch USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0'''
#
# Answer by yes or no
#
# mesh partitionning - SYRTHES parallel version - rebuilding results file
syrthespp INSTALL=yes
syrthesmpi INSTALL=yes
syrthespost INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Optional extern libraries
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# BLAS Linear algebra library
blas USE=no INSTALL=no
#blas USE=yes PATH=/home/...
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES for coupling with Code-Saturne (optional)
#--------------------------------------------------------
# Warning : MPI installation must be defined before
#
'''#ple USE=no'''
#ple USE=yes PATH=/.../saturne/opt/libple-1.0/arch/MY_ARCH
'''ple USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3'''
#
'''#syrthescfd INSTALL=no'''
'''syrthescfd INSTALL=yes'''
#
#

./syrthes_install.py
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/
ls

Commande pour Mageia 64bits :
cd Linux_x86_64
Commande pour Mageia 32bits (remplacer Linux_i586 ci-dessous par le nom exact du répertoire) :
cd Linux_i586

Reprise des commandes pour Mageia 32 et 64bits :
cp -p -r * /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/lib

cd /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
Editez le fichier syrthes.profile et remplacez la ligne :
SYRTHES4_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/Linux_x86_64
par
SYRTHES4_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

=== 4) Definition des variables d'environnement ===

Afin d'éviter d'indiquer chaque fois le chemin complet vers les binaires ou scripts de Code_Saturne, il est nécessaire : 
- soit d'utiliser un script setenv.sh qui sera à lancer une fois au début de votre travail avec Code_Saturne dans un seul et meme terminal ou 
- soit mettre ces variables d'environnement dans le fichier .bashprofile dans votre repertoire HOME et le travail sera fait une fois pour toutes. 
Voici comment mettre en oeuvre ces 2 solutions :

* création du fichier de chargement des variables d'environnements de Code Saturne dans /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh et mettez-y les lignes ci-dessous :
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile
Rendre executable le fichier
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh

* modification du fichier bashprofile du compte utilisateur
cd
vi .bashprofile
et mettez tout à la fin de ce fichier les lignes suivantes
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile

Code Saturne 3

2013-07-30T16:39:39Z

Yannick56 : /* 2) Test du binaire Code Saturne */

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles supplémentaires ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes >= 4.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes/syrthes-telechargement-280982.html puis prendre les 4 fichiers de la version Debian.

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

En plus du make de mageia3, vous aurez besoin de cmake pour compiler les librairies Metis et CGNSlib :
urpmi cmake

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies (dont python-matplotlib)
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

Mageia 32bits :
urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils python-matplotlib

Mageia 64bits :
urpmi python lib64python2.7 lib64python-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
lib64qt3support4 lib64qt4-devel lib64qtcore4 lib64qtdbus4 lib64qtdesigner4 lib64qtgui4 lib64qthelp4 lib64qtmultimedia4 lib64qtnetwork4 lib64qtopengl4 \ 
lib64qtscript4 lib64qtscripttools4 lib64qtxml4 lib64qtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
lib64xml2_2 lib64xml2-devel libxml2-python libxml2-utils python-matplotlib

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

-si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus :
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

-si vous avez Mageia en 64bits, exécutez les commandes ci-dessous :
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

suite des commandes pour Mageia 32 ou 64 bits :
cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/lib
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0/lib
cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3/lib
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

'''Note importante''' :
La commande
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne autovnv
ne fonctionne pas pour l'instant parce que le module vtk pour Python (python-vtk) n'existe pas sur Mageia 3 et génère l'erreur :
Traceback (most recent call last):
File "/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne", line 77, in <module>
retcode = cs.execute()
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/cs_script.py", line 73, in execute
return self.commands[command](options)
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/cs_script.py", line 100, in autovnv
import cs_autovnv
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/cs_autovnv.py", line 55, in <module>
from autovnv.Study import Studies
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/autovnv/Study.py", line 45, in <module>
from autovnv.PlotVTK import PlotVTK
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/autovnv/PlotVTK.py", line 36, in <module>
import vtk
ImportError: No module named vtk

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

gunzip -S .zip syrthes4.1.1-debian.tgz.part*.zip
cat syrthes4.1.1-debian.tgz.part* >> syrthes4.1.1-debian.tgz
tar xvfz syrthes4.1.1-debian.tgz

cd syrthes4.1.1-debian/src/syrthes-install/
cp -p setup.ini setup.ini.ORI
vi setup.ini

Modifiez le fichier setup.ini comme les parties en gras ci-dessous :

#--------------------------------------------------------
# Architecture Name
#--------------------------------------------------------
#nom_arch Linux_x86_64 <- for specific architecture
#nom_arch <- leave empty for automatic default
# value (based on uname)
nom_arch
#
#--------------------------------------------------------
# C compiler (sequential)
#--------------------------------------------------------
#compC /home/toto/gcc-x.y.z/gcc <- for specific C compiler
#compCX /home/toto/gcc-x.y.z/g++ <- for specific C++ compiler (only needed for MPI installation)
#compC gcc <- leave gcc for automatic default
#compCX g++ <- leave g++ for automatic default
#
compC gcc
compCX g++
#
# Specific options for compiler
#specific_inc= -I /myinclude/inc -I /myinclude2/inc
#specific_lib= -L /mylib/lib1 -L /mylib/lib2
#specific_debug= -g
#specific_option= -D _SYRTHES_MPI_IO_
#
# parallel compilation
#specific_makej= -j8
#
#--------------------------------------------------------
# Graphical user Interface
#--------------------------------------------------------
gui INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Interpreted functions
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# interpreted function module - SYRTHES - sequential version
syrthesppfunc INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - kernel - sequential version
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# SYRTHES - sequential version
syrthesseq INSTALL=yes
#
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - tools for meshes and results conversions
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# for MED format conversion : choose to istall or the path to the libraries
'''#hdf5 USE=yes INSTALL=yes'''
#hdf5 USE=no INSTALL=no
#hdf5 USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/hdf5-1.8.8/arch/MY_ARCH
'''hdf5 USE=yes INSTALL=no'''
#
#
'''#med USE=yes INSTALL=yes'''
#med USE=no INSTALL=no
#med USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/med-3.0.6/arch/MY_ARCH
'''med USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6'''
#
#
# Answer by yes or no
#
# mesh format conversion tool
syrthesconvert INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> Paraview/Ensight
syrthesensight INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> SALOME-MED
syrthesmed INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - parall version (optional)
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
# mpi is required, metis AND/OR scotch are required
#
'''#mpi USE=yes INSTALL=yes'''
#mpi USE=no INSTALL=no
#mpi USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/openmpi-1.4.3/arch/MY_ARCH
''' mpi USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib//openmpi-1.6.5'''
#
'''#metis USE=yes INSTALL=yes'''
#metis USE=no INSTALL=no
#metis USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/metis-5.0.2/arch/MY_ARCH
'''metis USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0'''
#
'''#scotch USE=yes INSTALL=yes'''
#scotch USE=no INSTALL=no
#scotch USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/scotch_5.1.12b/arch/MY_ARCH
'''scotch USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0'''
#
# Answer by yes or no
#
# mesh partitionning - SYRTHES parallel version - rebuilding results file
syrthespp INSTALL=yes
syrthesmpi INSTALL=yes
syrthespost INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Optional extern libraries
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# BLAS Linear algebra library
blas USE=no INSTALL=no
#blas USE=yes PATH=/home/...
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES for coupling with Code-Saturne (optional)
#--------------------------------------------------------
# Warning : MPI installation must be defined before
#
'''#ple USE=no'''
#ple USE=yes PATH=/.../saturne/opt/libple-1.0/arch/MY_ARCH
'''ple USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3'''
#
'''#syrthescfd INSTALL=no'''
'''syrthescfd INSTALL=yes'''
#
#

./syrthes_install.py
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/
ls

Mageia 64bits :
cd Linux_x86_64
Mageia 32bits (remplacer Linux_i586 ci-dessous par le nom exact du répertoire) :
cd Linux_i586

cp -p -r * /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
Editez le fichier syrthes.profile et remplacez la ligne :
SYRTHES4_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/Linux_x86_64
par
SYRTHES4_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

=== 4) Definition des variables d'environnement ===

Afin d'éviter d'indiquer chaque fois le chemin complet vers les binaires ou scripts de Code_Saturne, il est nécessaire : 
- soit d'utiliser un script setenv.sh qui sera à lancer une fois au début de votre travail avec Code_Saturne dans un seul et meme terminal ou 
- soit mettre ces variables d'environnement dans le fichier .bashprofile dans votre repertoire HOME et le travail sera fait une fois pour toutes. 
Voici comment mettre en oeuvre ces 2 solutions :

* création du fichier de chargement des variables d'environnements de Code Saturne dans /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh et mettez-y les lignes ci-dessous :
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile
Rendre executable le fichier
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh

* modification du fichier bashprofile du compte utilisateur
cd
vi .bashprofile
et mettez tout à la fin de ce fichier les lignes suivantes
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile

Code Saturne 3

2013-07-30T16:35:13Z

Yannick56 : /* 2) Test du binaire Code Saturne */ non fonctionnement de l'option autovnv

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles supplémentaires ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes >= 4.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes/syrthes-telechargement-280982.html puis prendre les 4 fichiers de la version Debian.

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

En plus du make de mageia3, vous aurez besoin de cmake pour compiler les librairies Metis et CGNSlib :
urpmi cmake

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies (dont python-matplotlib)
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

Mageia 32bits :
urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils python-matplotlib

Mageia 64bits :
urpmi python lib64python2.7 lib64python-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
lib64qt3support4 lib64qt4-devel lib64qtcore4 lib64qtdbus4 lib64qtdesigner4 lib64qtgui4 lib64qthelp4 lib64qtmultimedia4 lib64qtnetwork4 lib64qtopengl4 \ 
lib64qtscript4 lib64qtscripttools4 lib64qtxml4 lib64qtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
lib64xml2_2 lib64xml2-devel libxml2-python libxml2-utils python-matplotlib

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

-si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus :
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

-si vous avez Mageia en 64bits, exécutez les commandes ci-dessous :
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

suite des commandes pour Mageia 32 ou 64 bits :
cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/lib
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0/lib
cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3/lib
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

'''Note importante''' :
La commande
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne autovnv
ne fonctionne pas pour l'instant parce que le module vtk pour Python n'existe pas sur Mageia 3 et génère l'erreur :
Traceback (most recent call last):
File "/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne", line 77, in <module>
retcode = cs.execute()
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/cs_script.py", line 73, in execute
return self.commands[command](options)
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/cs_script.py", line 100, in autovnv
import cs_autovnv
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/cs_autovnv.py", line 55, in <module>
from autovnv.Study import Studies
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/autovnv/Study.py", line 45, in <module>
from autovnv.PlotVTK import PlotVTK
File "/opt/code_saturne-3.0.1/lib/python2.7/site-packages/code_saturne/autovnv/PlotVTK.py", line 36, in <module>
import vtk
ImportError: No module named vtk

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

gunzip -S .zip syrthes4.1.1-debian.tgz.part*.zip
cat syrthes4.1.1-debian.tgz.part* >> syrthes4.1.1-debian.tgz
tar xvfz syrthes4.1.1-debian.tgz

cd syrthes4.1.1-debian/src/syrthes-install/
cp -p setup.ini setup.ini.ORI
vi setup.ini

Modifiez le fichier setup.ini comme les parties en gras ci-dessous :

#--------------------------------------------------------
# Architecture Name
#--------------------------------------------------------
#nom_arch Linux_x86_64 <- for specific architecture
#nom_arch <- leave empty for automatic default
# value (based on uname)
nom_arch
#
#--------------------------------------------------------
# C compiler (sequential)
#--------------------------------------------------------
#compC /home/toto/gcc-x.y.z/gcc <- for specific C compiler
#compCX /home/toto/gcc-x.y.z/g++ <- for specific C++ compiler (only needed for MPI installation)
#compC gcc <- leave gcc for automatic default
#compCX g++ <- leave g++ for automatic default
#
compC gcc
compCX g++
#
# Specific options for compiler
#specific_inc= -I /myinclude/inc -I /myinclude2/inc
#specific_lib= -L /mylib/lib1 -L /mylib/lib2
#specific_debug= -g
#specific_option= -D _SYRTHES_MPI_IO_
#
# parallel compilation
#specific_makej= -j8
#
#--------------------------------------------------------
# Graphical user Interface
#--------------------------------------------------------
gui INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Interpreted functions
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# interpreted function module - SYRTHES - sequential version
syrthesppfunc INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - kernel - sequential version
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# SYRTHES - sequential version
syrthesseq INSTALL=yes
#
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - tools for meshes and results conversions
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# for MED format conversion : choose to istall or the path to the libraries
'''#hdf5 USE=yes INSTALL=yes'''
#hdf5 USE=no INSTALL=no
#hdf5 USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/hdf5-1.8.8/arch/MY_ARCH
'''hdf5 USE=yes INSTALL=no'''
#
#
'''#med USE=yes INSTALL=yes'''
#med USE=no INSTALL=no
#med USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/med-3.0.6/arch/MY_ARCH
'''med USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6'''
#
#
# Answer by yes or no
#
# mesh format conversion tool
syrthesconvert INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> Paraview/Ensight
syrthesensight INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> SALOME-MED
syrthesmed INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - parall version (optional)
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
# mpi is required, metis AND/OR scotch are required
#
'''#mpi USE=yes INSTALL=yes'''
#mpi USE=no INSTALL=no
#mpi USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/openmpi-1.4.3/arch/MY_ARCH
''' mpi USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib//openmpi-1.6.5'''
#
'''#metis USE=yes INSTALL=yes'''
#metis USE=no INSTALL=no
#metis USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/metis-5.0.2/arch/MY_ARCH
'''metis USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0'''
#
'''#scotch USE=yes INSTALL=yes'''
#scotch USE=no INSTALL=no
#scotch USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/scotch_5.1.12b/arch/MY_ARCH
'''scotch USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0'''
#
# Answer by yes or no
#
# mesh partitionning - SYRTHES parallel version - rebuilding results file
syrthespp INSTALL=yes
syrthesmpi INSTALL=yes
syrthespost INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Optional extern libraries
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# BLAS Linear algebra library
blas USE=no INSTALL=no
#blas USE=yes PATH=/home/...
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES for coupling with Code-Saturne (optional)
#--------------------------------------------------------
# Warning : MPI installation must be defined before
#
'''#ple USE=no'''
#ple USE=yes PATH=/.../saturne/opt/libple-1.0/arch/MY_ARCH
'''ple USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3'''
#
'''#syrthescfd INSTALL=no'''
'''syrthescfd INSTALL=yes'''
#
#

./syrthes_install.py
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/
ls

Mageia 64bits :
cd Linux_x86_64
Mageia 32bits (remplacer Linux_i586 ci-dessous par le nom exact du répertoire) :
cd Linux_i586

cp -p -r * /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
Editez le fichier syrthes.profile et remplacez la ligne :
SYRTHES4_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/Linux_x86_64
par
SYRTHES4_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

=== 4) Definition des variables d'environnement ===

Afin d'éviter d'indiquer chaque fois le chemin complet vers les binaires ou scripts de Code_Saturne, il est nécessaire : 
- soit d'utiliser un script setenv.sh qui sera à lancer une fois au début de votre travail avec Code_Saturne dans un seul et meme terminal ou 
- soit mettre ces variables d'environnement dans le fichier .bashprofile dans votre repertoire HOME et le travail sera fait une fois pour toutes. 
Voici comment mettre en oeuvre ces 2 solutions :

* création du fichier de chargement des variables d'environnements de Code Saturne dans /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh et mettez-y les lignes ci-dessous :
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile
Rendre executable le fichier
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh

* modification du fichier bashprofile du compte utilisateur
cd
vi .bashprofile
et mettez tout à la fin de ce fichier les lignes suivantes
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile

Code Saturne 3

2013-07-30T16:30:11Z

Yannick56 : /* Installation des prérequis */ ajout python-matplotlib

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles supplémentaires ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes >= 4.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes/syrthes-telechargement-280982.html puis prendre les 4 fichiers de la version Debian.

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

En plus du make de mageia3, vous aurez besoin de cmake pour compiler les librairies Metis et CGNSlib :
urpmi cmake

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies (dont python-matplotlib)
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

Mageia 32bits :
urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils python-matplotlib

Mageia 64bits :
urpmi python lib64python2.7 lib64python-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
lib64qt3support4 lib64qt4-devel lib64qtcore4 lib64qtdbus4 lib64qtdesigner4 lib64qtgui4 lib64qthelp4 lib64qtmultimedia4 lib64qtnetwork4 lib64qtopengl4 \ 
lib64qtscript4 lib64qtscripttools4 lib64qtxml4 lib64qtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
lib64xml2_2 lib64xml2-devel libxml2-python libxml2-utils python-matplotlib

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

-si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus :
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

-si vous avez Mageia en 64bits, exécutez les commandes ci-dessous :
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

suite des commandes pour Mageia 32 ou 64 bits :
cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/lib
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0/lib
cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3/lib
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

gunzip -S .zip syrthes4.1.1-debian.tgz.part*.zip
cat syrthes4.1.1-debian.tgz.part* >> syrthes4.1.1-debian.tgz
tar xvfz syrthes4.1.1-debian.tgz

cd syrthes4.1.1-debian/src/syrthes-install/
cp -p setup.ini setup.ini.ORI
vi setup.ini

Modifiez le fichier setup.ini comme les parties en gras ci-dessous :

#--------------------------------------------------------
# Architecture Name
#--------------------------------------------------------
#nom_arch Linux_x86_64 <- for specific architecture
#nom_arch <- leave empty for automatic default
# value (based on uname)
nom_arch
#
#--------------------------------------------------------
# C compiler (sequential)
#--------------------------------------------------------
#compC /home/toto/gcc-x.y.z/gcc <- for specific C compiler
#compCX /home/toto/gcc-x.y.z/g++ <- for specific C++ compiler (only needed for MPI installation)
#compC gcc <- leave gcc for automatic default
#compCX g++ <- leave g++ for automatic default
#
compC gcc
compCX g++
#
# Specific options for compiler
#specific_inc= -I /myinclude/inc -I /myinclude2/inc
#specific_lib= -L /mylib/lib1 -L /mylib/lib2
#specific_debug= -g
#specific_option= -D _SYRTHES_MPI_IO_
#
# parallel compilation
#specific_makej= -j8
#
#--------------------------------------------------------
# Graphical user Interface
#--------------------------------------------------------
gui INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Interpreted functions
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# interpreted function module - SYRTHES - sequential version
syrthesppfunc INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - kernel - sequential version
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# SYRTHES - sequential version
syrthesseq INSTALL=yes
#
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - tools for meshes and results conversions
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# for MED format conversion : choose to istall or the path to the libraries
'''#hdf5 USE=yes INSTALL=yes'''
#hdf5 USE=no INSTALL=no
#hdf5 USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/hdf5-1.8.8/arch/MY_ARCH
'''hdf5 USE=yes INSTALL=no'''
#
#
'''#med USE=yes INSTALL=yes'''
#med USE=no INSTALL=no
#med USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/med-3.0.6/arch/MY_ARCH
'''med USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6'''
#
#
# Answer by yes or no
#
# mesh format conversion tool
syrthesconvert INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> Paraview/Ensight
syrthesensight INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> SALOME-MED
syrthesmed INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - parall version (optional)
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
# mpi is required, metis AND/OR scotch are required
#
'''#mpi USE=yes INSTALL=yes'''
#mpi USE=no INSTALL=no
#mpi USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/openmpi-1.4.3/arch/MY_ARCH
''' mpi USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib//openmpi-1.6.5'''
#
'''#metis USE=yes INSTALL=yes'''
#metis USE=no INSTALL=no
#metis USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/metis-5.0.2/arch/MY_ARCH
'''metis USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0'''
#
'''#scotch USE=yes INSTALL=yes'''
#scotch USE=no INSTALL=no
#scotch USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/scotch_5.1.12b/arch/MY_ARCH
'''scotch USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0'''
#
# Answer by yes or no
#
# mesh partitionning - SYRTHES parallel version - rebuilding results file
syrthespp INSTALL=yes
syrthesmpi INSTALL=yes
syrthespost INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Optional extern libraries
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# BLAS Linear algebra library
blas USE=no INSTALL=no
#blas USE=yes PATH=/home/...
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES for coupling with Code-Saturne (optional)
#--------------------------------------------------------
# Warning : MPI installation must be defined before
#
'''#ple USE=no'''
#ple USE=yes PATH=/.../saturne/opt/libple-1.0/arch/MY_ARCH
'''ple USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3'''
#
'''#syrthescfd INSTALL=no'''
'''syrthescfd INSTALL=yes'''
#
#

./syrthes_install.py
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/
ls

Mageia 64bits :
cd Linux_x86_64
Mageia 32bits (remplacer Linux_i586 ci-dessous par le nom exact du répertoire) :
cd Linux_i586

cp -p -r * /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
Editez le fichier syrthes.profile et remplacez la ligne :
SYRTHES4_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/Linux_x86_64
par
SYRTHES4_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

=== 4) Definition des variables d'environnement ===

Afin d'éviter d'indiquer chaque fois le chemin complet vers les binaires ou scripts de Code_Saturne, il est nécessaire : 
- soit d'utiliser un script setenv.sh qui sera à lancer une fois au début de votre travail avec Code_Saturne dans un seul et meme terminal ou 
- soit mettre ces variables d'environnement dans le fichier .bashprofile dans votre repertoire HOME et le travail sera fait une fois pour toutes. 
Voici comment mettre en oeuvre ces 2 solutions :

* création du fichier de chargement des variables d'environnements de Code Saturne dans /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh et mettez-y les lignes ci-dessous :
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile
Rendre executable le fichier
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh

* modification du fichier bashprofile du compte utilisateur
cd
vi .bashprofile
et mettez tout à la fin de ce fichier les lignes suivantes
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile

Code Saturne 3

2013-07-30T16:15:58Z

Yannick56 : /* 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface) */ ajout verifications

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles supplémentaires ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes >= 4.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes/syrthes-telechargement-280982.html puis prendre les 4 fichiers de la version Debian.

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

En plus du make de mageia3, vous aurez besoin de cmake pour compiler les librairies Metis et CGNSlib :
urpmi cmake

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

Mageia 32bits :
urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Mageia 64bits :
urpmi python lib64python2.7 lib64python-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
lib64qt3support4 lib64qt4-devel lib64qtcore4 lib64qtdbus4 lib64qtdesigner4 lib64qtgui4 lib64qthelp4 lib64qtmultimedia4 lib64qtnetwork4 lib64qtopengl4 \ 
lib64qtscript4 lib64qtscripttools4 lib64qtxml4 lib64qtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
lib64xml2_2 lib64xml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

-si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus :
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

-si vous avez Mageia en 64bits, exécutez les commandes ci-dessous :
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

suite des commandes pour Mageia 32 ou 64 bits :
cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/lib
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0/lib
cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3/lib
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

gunzip -S .zip syrthes4.1.1-debian.tgz.part*.zip
cat syrthes4.1.1-debian.tgz.part* >> syrthes4.1.1-debian.tgz
tar xvfz syrthes4.1.1-debian.tgz

cd syrthes4.1.1-debian/src/syrthes-install/
cp -p setup.ini setup.ini.ORI
vi setup.ini

Modifiez le fichier setup.ini comme les parties en gras ci-dessous :

#--------------------------------------------------------
# Architecture Name
#--------------------------------------------------------
#nom_arch Linux_x86_64 <- for specific architecture
#nom_arch <- leave empty for automatic default
# value (based on uname)
nom_arch
#
#--------------------------------------------------------
# C compiler (sequential)
#--------------------------------------------------------
#compC /home/toto/gcc-x.y.z/gcc <- for specific C compiler
#compCX /home/toto/gcc-x.y.z/g++ <- for specific C++ compiler (only needed for MPI installation)
#compC gcc <- leave gcc for automatic default
#compCX g++ <- leave g++ for automatic default
#
compC gcc
compCX g++
#
# Specific options for compiler
#specific_inc= -I /myinclude/inc -I /myinclude2/inc
#specific_lib= -L /mylib/lib1 -L /mylib/lib2
#specific_debug= -g
#specific_option= -D _SYRTHES_MPI_IO_
#
# parallel compilation
#specific_makej= -j8
#
#--------------------------------------------------------
# Graphical user Interface
#--------------------------------------------------------
gui INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Interpreted functions
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# interpreted function module - SYRTHES - sequential version
syrthesppfunc INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - kernel - sequential version
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# SYRTHES - sequential version
syrthesseq INSTALL=yes
#
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - tools for meshes and results conversions
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# for MED format conversion : choose to istall or the path to the libraries
'''#hdf5 USE=yes INSTALL=yes'''
#hdf5 USE=no INSTALL=no
#hdf5 USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/hdf5-1.8.8/arch/MY_ARCH
'''hdf5 USE=yes INSTALL=no'''
#
#
'''#med USE=yes INSTALL=yes'''
#med USE=no INSTALL=no
#med USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/med-3.0.6/arch/MY_ARCH
'''med USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6'''
#
#
# Answer by yes or no
#
# mesh format conversion tool
syrthesconvert INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> Paraview/Ensight
syrthesensight INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> SALOME-MED
syrthesmed INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - parall version (optional)
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
# mpi is required, metis AND/OR scotch are required
#
'''#mpi USE=yes INSTALL=yes'''
#mpi USE=no INSTALL=no
#mpi USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/openmpi-1.4.3/arch/MY_ARCH
''' mpi USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib//openmpi-1.6.5'''
#
'''#metis USE=yes INSTALL=yes'''
#metis USE=no INSTALL=no
#metis USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/metis-5.0.2/arch/MY_ARCH
'''metis USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0'''
#
'''#scotch USE=yes INSTALL=yes'''
#scotch USE=no INSTALL=no
#scotch USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/scotch_5.1.12b/arch/MY_ARCH
'''scotch USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0'''
#
# Answer by yes or no
#
# mesh partitionning - SYRTHES parallel version - rebuilding results file
syrthespp INSTALL=yes
syrthesmpi INSTALL=yes
syrthespost INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Optional extern libraries
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# BLAS Linear algebra library
blas USE=no INSTALL=no
#blas USE=yes PATH=/home/...
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES for coupling with Code-Saturne (optional)
#--------------------------------------------------------
# Warning : MPI installation must be defined before
#
'''#ple USE=no'''
#ple USE=yes PATH=/.../saturne/opt/libple-1.0/arch/MY_ARCH
'''ple USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3'''
#
'''#syrthescfd INSTALL=no'''
'''syrthescfd INSTALL=yes'''
#
#

./syrthes_install.py
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/
ls

Mageia 64bits :
cd Linux_x86_64
Mageia 32bits (remplacer Linux_i586 ci-dessous par le nom exact du répertoire) :
cd Linux_i586

cp -p -r * /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
Editez le fichier syrthes.profile et remplacez la ligne :
SYRTHES4_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/Linux_x86_64
par
SYRTHES4_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

=== 4) Definition des variables d'environnement ===

Afin d'éviter d'indiquer chaque fois le chemin complet vers les binaires ou scripts de Code_Saturne, il est nécessaire : 
- soit d'utiliser un script setenv.sh qui sera à lancer une fois au début de votre travail avec Code_Saturne dans un seul et meme terminal ou 
- soit mettre ces variables d'environnement dans le fichier .bashprofile dans votre repertoire HOME et le travail sera fait une fois pour toutes. 
Voici comment mettre en oeuvre ces 2 solutions :

* création du fichier de chargement des variables d'environnements de Code Saturne dans /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh et mettez-y les lignes ci-dessous :
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile
Rendre executable le fichier
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh

* modification du fichier bashprofile du compte utilisateur
cd
vi .bashprofile
et mettez tout à la fin de ce fichier les lignes suivantes
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile

Code Saturne 3

2013-07-30T16:11:25Z

Yannick56 : /* 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) */

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles supplémentaires ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes >= 4.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes/syrthes-telechargement-280982.html puis prendre les 4 fichiers de la version Debian.

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

En plus du make de mageia3, vous aurez besoin de cmake pour compiler les librairies Metis et CGNSlib :
urpmi cmake

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

Mageia 32bits :
urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Mageia 64bits :
urpmi python lib64python2.7 lib64python-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
lib64qt3support4 lib64qt4-devel lib64qtcore4 lib64qtdbus4 lib64qtdesigner4 lib64qtgui4 lib64qthelp4 lib64qtmultimedia4 lib64qtnetwork4 lib64qtopengl4 \ 
lib64qtscript4 lib64qtscripttools4 lib64qtxml4 lib64qtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
lib64xml2_2 lib64xml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

-si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus :
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

-si vous avez Mageia en 64bits, exécutez les commandes ci-dessous :
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

suite des commandes pour Mageia 32 ou 64 bits :
cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/lib
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0/lib
cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

gunzip -S .zip syrthes4.1.1-debian.tgz.part*.zip
cat syrthes4.1.1-debian.tgz.part* >> syrthes4.1.1-debian.tgz
tar xvfz syrthes4.1.1-debian.tgz

cd syrthes4.1.1-debian/src/syrthes-install/
cp -p setup.ini setup.ini.ORI
vi setup.ini

Modifiez le fichier setup.ini comme les parties en gras ci-dessous :

#--------------------------------------------------------
# Architecture Name
#--------------------------------------------------------
#nom_arch Linux_x86_64 <- for specific architecture
#nom_arch <- leave empty for automatic default
# value (based on uname)
nom_arch
#
#--------------------------------------------------------
# C compiler (sequential)
#--------------------------------------------------------
#compC /home/toto/gcc-x.y.z/gcc <- for specific C compiler
#compCX /home/toto/gcc-x.y.z/g++ <- for specific C++ compiler (only needed for MPI installation)
#compC gcc <- leave gcc for automatic default
#compCX g++ <- leave g++ for automatic default
#
compC gcc
compCX g++
#
# Specific options for compiler
#specific_inc= -I /myinclude/inc -I /myinclude2/inc
#specific_lib= -L /mylib/lib1 -L /mylib/lib2
#specific_debug= -g
#specific_option= -D _SYRTHES_MPI_IO_
#
# parallel compilation
#specific_makej= -j8
#
#--------------------------------------------------------
# Graphical user Interface
#--------------------------------------------------------
gui INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Interpreted functions
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# interpreted function module - SYRTHES - sequential version
syrthesppfunc INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - kernel - sequential version
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# SYRTHES - sequential version
syrthesseq INSTALL=yes
#
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - tools for meshes and results conversions
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# for MED format conversion : choose to istall or the path to the libraries
'''#hdf5 USE=yes INSTALL=yes'''
#hdf5 USE=no INSTALL=no
#hdf5 USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/hdf5-1.8.8/arch/MY_ARCH
'''hdf5 USE=yes INSTALL=no'''
#
#
'''#med USE=yes INSTALL=yes'''
#med USE=no INSTALL=no
#med USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/med-3.0.6/arch/MY_ARCH
'''med USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6'''
#
#
# Answer by yes or no
#
# mesh format conversion tool
syrthesconvert INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> Paraview/Ensight
syrthesensight INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> SALOME-MED
syrthesmed INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - parall version (optional)
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
# mpi is required, metis AND/OR scotch are required
#
'''#mpi USE=yes INSTALL=yes'''
#mpi USE=no INSTALL=no
#mpi USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/openmpi-1.4.3/arch/MY_ARCH
''' mpi USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib//openmpi-1.6.5'''
#
'''#metis USE=yes INSTALL=yes'''
#metis USE=no INSTALL=no
#metis USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/metis-5.0.2/arch/MY_ARCH
'''metis USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0'''
#
'''#scotch USE=yes INSTALL=yes'''
#scotch USE=no INSTALL=no
#scotch USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/scotch_5.1.12b/arch/MY_ARCH
'''scotch USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0'''
#
# Answer by yes or no
#
# mesh partitionning - SYRTHES parallel version - rebuilding results file
syrthespp INSTALL=yes
syrthesmpi INSTALL=yes
syrthespost INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Optional extern libraries
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# BLAS Linear algebra library
blas USE=no INSTALL=no
#blas USE=yes PATH=/home/...
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES for coupling with Code-Saturne (optional)
#--------------------------------------------------------
# Warning : MPI installation must be defined before
#
'''#ple USE=no'''
#ple USE=yes PATH=/.../saturne/opt/libple-1.0/arch/MY_ARCH
'''ple USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3'''
#
'''#syrthescfd INSTALL=no'''
'''syrthescfd INSTALL=yes'''
#
#

./syrthes_install.py
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/
ls

Mageia 64bits :
cd Linux_x86_64
Mageia 32bits (remplacer Linux_i586 ci-dessous par le nom exact du répertoire) :
cd Linux_i586

cp -p -r * /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
Editez le fichier syrthes.profile et remplacez la ligne :
SYRTHES4_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/Linux_x86_64
par
SYRTHES4_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

=== 4) Definition des variables d'environnement ===

Afin d'éviter d'indiquer chaque fois le chemin complet vers les binaires ou scripts de Code_Saturne, il est nécessaire : 
- soit d'utiliser un script setenv.sh qui sera à lancer une fois au début de votre travail avec Code_Saturne dans un seul et meme terminal ou 
- soit mettre ces variables d'environnement dans le fichier .bashprofile dans votre repertoire HOME et le travail sera fait une fois pour toutes. 
Voici comment mettre en oeuvre ces 2 solutions :

* création du fichier de chargement des variables d'environnements de Code Saturne dans /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh et mettez-y les lignes ci-dessous :
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile
Rendre executable le fichier
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh

* modification du fichier bashprofile du compte utilisateur
cd
vi .bashprofile
et mettez tout à la fin de ce fichier les lignes suivantes
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile

Code Saturne 3

2013-07-30T16:09:20Z

Yannick56 : /* 0d) Compilation de Metis (Optionnel) */ ajout verifications

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles supplémentaires ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes >= 4.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes/syrthes-telechargement-280982.html puis prendre les 4 fichiers de la version Debian.

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

En plus du make de mageia3, vous aurez besoin de cmake pour compiler les librairies Metis et CGNSlib :
urpmi cmake

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

Mageia 32bits :
urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Mageia 64bits :
urpmi python lib64python2.7 lib64python-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
lib64qt3support4 lib64qt4-devel lib64qtcore4 lib64qtdbus4 lib64qtdesigner4 lib64qtgui4 lib64qthelp4 lib64qtmultimedia4 lib64qtnetwork4 lib64qtopengl4 \ 
lib64qtscript4 lib64qtscripttools4 lib64qtxml4 lib64qtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
lib64xml2_2 lib64xml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

-si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus :
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

-si vous avez Mageia en 64bits, exécutez les commandes ci-dessous :
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

suite des commandes pour Mageia 32 ou 64 bits :
cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/lib
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0/lib
cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

gunzip -S .zip syrthes4.1.1-debian.tgz.part*.zip
cat syrthes4.1.1-debian.tgz.part* >> syrthes4.1.1-debian.tgz
tar xvfz syrthes4.1.1-debian.tgz

cd syrthes4.1.1-debian/src/syrthes-install/
cp -p setup.ini setup.ini.ORI
vi setup.ini

Modifiez le fichier setup.ini comme les parties en gras ci-dessous :

#--------------------------------------------------------
# Architecture Name
#--------------------------------------------------------
#nom_arch Linux_x86_64 <- for specific architecture
#nom_arch <- leave empty for automatic default
# value (based on uname)
nom_arch
#
#--------------------------------------------------------
# C compiler (sequential)
#--------------------------------------------------------
#compC /home/toto/gcc-x.y.z/gcc <- for specific C compiler
#compCX /home/toto/gcc-x.y.z/g++ <- for specific C++ compiler (only needed for MPI installation)
#compC gcc <- leave gcc for automatic default
#compCX g++ <- leave g++ for automatic default
#
compC gcc
compCX g++
#
# Specific options for compiler
#specific_inc= -I /myinclude/inc -I /myinclude2/inc
#specific_lib= -L /mylib/lib1 -L /mylib/lib2
#specific_debug= -g
#specific_option= -D _SYRTHES_MPI_IO_
#
# parallel compilation
#specific_makej= -j8
#
#--------------------------------------------------------
# Graphical user Interface
#--------------------------------------------------------
gui INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Interpreted functions
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# interpreted function module - SYRTHES - sequential version
syrthesppfunc INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - kernel - sequential version
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# SYRTHES - sequential version
syrthesseq INSTALL=yes
#
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - tools for meshes and results conversions
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# for MED format conversion : choose to istall or the path to the libraries
'''#hdf5 USE=yes INSTALL=yes'''
#hdf5 USE=no INSTALL=no
#hdf5 USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/hdf5-1.8.8/arch/MY_ARCH
'''hdf5 USE=yes INSTALL=no'''
#
#
'''#med USE=yes INSTALL=yes'''
#med USE=no INSTALL=no
#med USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/med-3.0.6/arch/MY_ARCH
'''med USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6'''
#
#
# Answer by yes or no
#
# mesh format conversion tool
syrthesconvert INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> Paraview/Ensight
syrthesensight INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> SALOME-MED
syrthesmed INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - parall version (optional)
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
# mpi is required, metis AND/OR scotch are required
#
'''#mpi USE=yes INSTALL=yes'''
#mpi USE=no INSTALL=no
#mpi USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/openmpi-1.4.3/arch/MY_ARCH
''' mpi USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib//openmpi-1.6.5'''
#
'''#metis USE=yes INSTALL=yes'''
#metis USE=no INSTALL=no
#metis USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/metis-5.0.2/arch/MY_ARCH
'''metis USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0'''
#
'''#scotch USE=yes INSTALL=yes'''
#scotch USE=no INSTALL=no
#scotch USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/scotch_5.1.12b/arch/MY_ARCH
'''scotch USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0'''
#
# Answer by yes or no
#
# mesh partitionning - SYRTHES parallel version - rebuilding results file
syrthespp INSTALL=yes
syrthesmpi INSTALL=yes
syrthespost INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Optional extern libraries
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# BLAS Linear algebra library
blas USE=no INSTALL=no
#blas USE=yes PATH=/home/...
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES for coupling with Code-Saturne (optional)
#--------------------------------------------------------
# Warning : MPI installation must be defined before
#
'''#ple USE=no'''
#ple USE=yes PATH=/.../saturne/opt/libple-1.0/arch/MY_ARCH
'''ple USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3'''
#
'''#syrthescfd INSTALL=no'''
'''syrthescfd INSTALL=yes'''
#
#

./syrthes_install.py
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/
ls

Mageia 64bits :
cd Linux_x86_64
Mageia 32bits (remplacer Linux_i586 ci-dessous par le nom exact du répertoire) :
cd Linux_i586

cp -p -r * /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
Editez le fichier syrthes.profile et remplacez la ligne :
SYRTHES4_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/Linux_x86_64
par
SYRTHES4_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

=== 4) Definition des variables d'environnement ===

Afin d'éviter d'indiquer chaque fois le chemin complet vers les binaires ou scripts de Code_Saturne, il est nécessaire : 
- soit d'utiliser un script setenv.sh qui sera à lancer une fois au début de votre travail avec Code_Saturne dans un seul et meme terminal ou 
- soit mettre ces variables d'environnement dans le fichier .bashprofile dans votre repertoire HOME et le travail sera fait une fois pour toutes. 
Voici comment mettre en oeuvre ces 2 solutions :

* création du fichier de chargement des variables d'environnements de Code Saturne dans /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh et mettez-y les lignes ci-dessous :
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile
Rendre executable le fichier
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh

* modification du fichier bashprofile du compte utilisateur
cd
vi .bashprofile
et mettez tout à la fin de ce fichier les lignes suivantes
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile

Code Saturne 3

2013-07-30T16:07:49Z

Yannick56 : /* 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) */ ajout verifications

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles supplémentaires ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes >= 4.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes/syrthes-telechargement-280982.html puis prendre les 4 fichiers de la version Debian.

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

En plus du make de mageia3, vous aurez besoin de cmake pour compiler les librairies Metis et CGNSlib :
urpmi cmake

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

Mageia 32bits :
urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Mageia 64bits :
urpmi python lib64python2.7 lib64python-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
lib64qt3support4 lib64qt4-devel lib64qtcore4 lib64qtdbus4 lib64qtdesigner4 lib64qtgui4 lib64qthelp4 lib64qtmultimedia4 lib64qtnetwork4 lib64qtopengl4 \ 
lib64qtscript4 lib64qtscripttools4 lib64qtxml4 lib64qtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
lib64xml2_2 lib64xml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

-si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus :
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

-si vous avez Mageia en 64bits, exécutez les commandes ci-dessous :
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

suite des commandes pour Mageia 32 ou 64 bits :
cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6/lib
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

gunzip -S .zip syrthes4.1.1-debian.tgz.part*.zip
cat syrthes4.1.1-debian.tgz.part* >> syrthes4.1.1-debian.tgz
tar xvfz syrthes4.1.1-debian.tgz

cd syrthes4.1.1-debian/src/syrthes-install/
cp -p setup.ini setup.ini.ORI
vi setup.ini

Modifiez le fichier setup.ini comme les parties en gras ci-dessous :

#--------------------------------------------------------
# Architecture Name
#--------------------------------------------------------
#nom_arch Linux_x86_64 <- for specific architecture
#nom_arch <- leave empty for automatic default
# value (based on uname)
nom_arch
#
#--------------------------------------------------------
# C compiler (sequential)
#--------------------------------------------------------
#compC /home/toto/gcc-x.y.z/gcc <- for specific C compiler
#compCX /home/toto/gcc-x.y.z/g++ <- for specific C++ compiler (only needed for MPI installation)
#compC gcc <- leave gcc for automatic default
#compCX g++ <- leave g++ for automatic default
#
compC gcc
compCX g++
#
# Specific options for compiler
#specific_inc= -I /myinclude/inc -I /myinclude2/inc
#specific_lib= -L /mylib/lib1 -L /mylib/lib2
#specific_debug= -g
#specific_option= -D _SYRTHES_MPI_IO_
#
# parallel compilation
#specific_makej= -j8
#
#--------------------------------------------------------
# Graphical user Interface
#--------------------------------------------------------
gui INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Interpreted functions
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# interpreted function module - SYRTHES - sequential version
syrthesppfunc INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - kernel - sequential version
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# SYRTHES - sequential version
syrthesseq INSTALL=yes
#
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - tools for meshes and results conversions
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# for MED format conversion : choose to istall or the path to the libraries
'''#hdf5 USE=yes INSTALL=yes'''
#hdf5 USE=no INSTALL=no
#hdf5 USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/hdf5-1.8.8/arch/MY_ARCH
'''hdf5 USE=yes INSTALL=no'''
#
#
'''#med USE=yes INSTALL=yes'''
#med USE=no INSTALL=no
#med USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/med-3.0.6/arch/MY_ARCH
'''med USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6'''
#
#
# Answer by yes or no
#
# mesh format conversion tool
syrthesconvert INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> Paraview/Ensight
syrthesensight INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> SALOME-MED
syrthesmed INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - parall version (optional)
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
# mpi is required, metis AND/OR scotch are required
#
'''#mpi USE=yes INSTALL=yes'''
#mpi USE=no INSTALL=no
#mpi USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/openmpi-1.4.3/arch/MY_ARCH
''' mpi USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib//openmpi-1.6.5'''
#
'''#metis USE=yes INSTALL=yes'''
#metis USE=no INSTALL=no
#metis USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/metis-5.0.2/arch/MY_ARCH
'''metis USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0'''
#
'''#scotch USE=yes INSTALL=yes'''
#scotch USE=no INSTALL=no
#scotch USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/scotch_5.1.12b/arch/MY_ARCH
'''scotch USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0'''
#
# Answer by yes or no
#
# mesh partitionning - SYRTHES parallel version - rebuilding results file
syrthespp INSTALL=yes
syrthesmpi INSTALL=yes
syrthespost INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Optional extern libraries
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# BLAS Linear algebra library
blas USE=no INSTALL=no
#blas USE=yes PATH=/home/...
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES for coupling with Code-Saturne (optional)
#--------------------------------------------------------
# Warning : MPI installation must be defined before
#
'''#ple USE=no'''
#ple USE=yes PATH=/.../saturne/opt/libple-1.0/arch/MY_ARCH
'''ple USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3'''
#
'''#syrthescfd INSTALL=no'''
'''syrthescfd INSTALL=yes'''
#
#

./syrthes_install.py
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/
ls

Mageia 64bits :
cd Linux_x86_64
Mageia 32bits (remplacer Linux_i586 ci-dessous par le nom exact du répertoire) :
cd Linux_i586

cp -p -r * /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
Editez le fichier syrthes.profile et remplacez la ligne :
SYRTHES4_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/Linux_x86_64
par
SYRTHES4_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

=== 4) Definition des variables d'environnement ===

Afin d'éviter d'indiquer chaque fois le chemin complet vers les binaires ou scripts de Code_Saturne, il est nécessaire : 
- soit d'utiliser un script setenv.sh qui sera à lancer une fois au début de votre travail avec Code_Saturne dans un seul et meme terminal ou 
- soit mettre ces variables d'environnement dans le fichier .bashprofile dans votre repertoire HOME et le travail sera fait une fois pour toutes. 
Voici comment mettre en oeuvre ces 2 solutions :

* création du fichier de chargement des variables d'environnements de Code Saturne dans /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh et mettez-y les lignes ci-dessous :
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile
Rendre executable le fichier
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh

* modification du fichier bashprofile du compte utilisateur
cd
vi .bashprofile
et mettez tout à la fin de ce fichier les lignes suivantes
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile

Code Saturne 3

2013-07-30T16:06:38Z

Yannick56 : /* 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) */ ajout verifications

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles supplémentaires ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes >= 4.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes/syrthes-telechargement-280982.html puis prendre les 4 fichiers de la version Debian.

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

En plus du make de mageia3, vous aurez besoin de cmake pour compiler les librairies Metis et CGNSlib :
urpmi cmake

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

Mageia 32bits :
urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Mageia 64bits :
urpmi python lib64python2.7 lib64python-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
lib64qt3support4 lib64qt4-devel lib64qtcore4 lib64qtdbus4 lib64qtdesigner4 lib64qtgui4 lib64qthelp4 lib64qtmultimedia4 lib64qtnetwork4 lib64qtopengl4 \ 
lib64qtscript4 lib64qtscripttools4 lib64qtxml4 lib64qtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
lib64xml2_2 lib64xml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

-si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus :
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

-si vous avez Mageia en 64bits, exécutez les commandes ci-dessous :
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

suite des commandes pour Mageia 32 ou 64 bits :
cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

gunzip -S .zip syrthes4.1.1-debian.tgz.part*.zip
cat syrthes4.1.1-debian.tgz.part* >> syrthes4.1.1-debian.tgz
tar xvfz syrthes4.1.1-debian.tgz

cd syrthes4.1.1-debian/src/syrthes-install/
cp -p setup.ini setup.ini.ORI
vi setup.ini

Modifiez le fichier setup.ini comme les parties en gras ci-dessous :

#--------------------------------------------------------
# Architecture Name
#--------------------------------------------------------
#nom_arch Linux_x86_64 <- for specific architecture
#nom_arch <- leave empty for automatic default
# value (based on uname)
nom_arch
#
#--------------------------------------------------------
# C compiler (sequential)
#--------------------------------------------------------
#compC /home/toto/gcc-x.y.z/gcc <- for specific C compiler
#compCX /home/toto/gcc-x.y.z/g++ <- for specific C++ compiler (only needed for MPI installation)
#compC gcc <- leave gcc for automatic default
#compCX g++ <- leave g++ for automatic default
#
compC gcc
compCX g++
#
# Specific options for compiler
#specific_inc= -I /myinclude/inc -I /myinclude2/inc
#specific_lib= -L /mylib/lib1 -L /mylib/lib2
#specific_debug= -g
#specific_option= -D _SYRTHES_MPI_IO_
#
# parallel compilation
#specific_makej= -j8
#
#--------------------------------------------------------
# Graphical user Interface
#--------------------------------------------------------
gui INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Interpreted functions
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# interpreted function module - SYRTHES - sequential version
syrthesppfunc INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - kernel - sequential version
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# SYRTHES - sequential version
syrthesseq INSTALL=yes
#
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - tools for meshes and results conversions
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# for MED format conversion : choose to istall or the path to the libraries
'''#hdf5 USE=yes INSTALL=yes'''
#hdf5 USE=no INSTALL=no
#hdf5 USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/hdf5-1.8.8/arch/MY_ARCH
'''hdf5 USE=yes INSTALL=no'''
#
#
'''#med USE=yes INSTALL=yes'''
#med USE=no INSTALL=no
#med USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/med-3.0.6/arch/MY_ARCH
'''med USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6'''
#
#
# Answer by yes or no
#
# mesh format conversion tool
syrthesconvert INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> Paraview/Ensight
syrthesensight INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> SALOME-MED
syrthesmed INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - parall version (optional)
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
# mpi is required, metis AND/OR scotch are required
#
'''#mpi USE=yes INSTALL=yes'''
#mpi USE=no INSTALL=no
#mpi USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/openmpi-1.4.3/arch/MY_ARCH
''' mpi USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib//openmpi-1.6.5'''
#
'''#metis USE=yes INSTALL=yes'''
#metis USE=no INSTALL=no
#metis USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/metis-5.0.2/arch/MY_ARCH
'''metis USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0'''
#
'''#scotch USE=yes INSTALL=yes'''
#scotch USE=no INSTALL=no
#scotch USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/scotch_5.1.12b/arch/MY_ARCH
'''scotch USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0'''
#
# Answer by yes or no
#
# mesh partitionning - SYRTHES parallel version - rebuilding results file
syrthespp INSTALL=yes
syrthesmpi INSTALL=yes
syrthespost INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Optional extern libraries
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# BLAS Linear algebra library
blas USE=no INSTALL=no
#blas USE=yes PATH=/home/...
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES for coupling with Code-Saturne (optional)
#--------------------------------------------------------
# Warning : MPI installation must be defined before
#
'''#ple USE=no'''
#ple USE=yes PATH=/.../saturne/opt/libple-1.0/arch/MY_ARCH
'''ple USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3'''
#
'''#syrthescfd INSTALL=no'''
'''syrthescfd INSTALL=yes'''
#
#

./syrthes_install.py
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/
ls

Mageia 64bits :
cd Linux_x86_64
Mageia 32bits (remplacer Linux_i586 ci-dessous par le nom exact du répertoire) :
cd Linux_i586

cp -p -r * /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
Editez le fichier syrthes.profile et remplacez la ligne :
SYRTHES4_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/Linux_x86_64
par
SYRTHES4_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

=== 4) Definition des variables d'environnement ===

Afin d'éviter d'indiquer chaque fois le chemin complet vers les binaires ou scripts de Code_Saturne, il est nécessaire : 
- soit d'utiliser un script setenv.sh qui sera à lancer une fois au début de votre travail avec Code_Saturne dans un seul et meme terminal ou 
- soit mettre ces variables d'environnement dans le fichier .bashprofile dans votre repertoire HOME et le travail sera fait une fois pour toutes. 
Voici comment mettre en oeuvre ces 2 solutions :

* création du fichier de chargement des variables d'environnements de Code Saturne dans /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh et mettez-y les lignes ci-dessous :
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile
Rendre executable le fichier
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh

* modification du fichier bashprofile du compte utilisateur
cd
vi .bashprofile
et mettez tout à la fin de ce fichier les lignes suivantes
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile

Code Saturne 3

2013-07-30T11:51:54Z

Yannick56 : /* 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) */ ajout précisions

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles supplémentaires ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes >= 4.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes/syrthes-telechargement-280982.html puis prendre les 4 fichiers de la version Debian.

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

En plus du make de mageia3, vous aurez besoin de cmake pour compiler les librairies Metis et CGNSlib :
urpmi cmake

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

Mageia 32bits :
urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Mageia 64bits :
urpmi python lib64python2.7 lib64python-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
lib64qt3support4 lib64qt4-devel lib64qtcore4 lib64qtdbus4 lib64qtdesigner4 lib64qtgui4 lib64qthelp4 lib64qtmultimedia4 lib64qtnetwork4 lib64qtopengl4 \ 
lib64qtscript4 lib64qtscripttools4 lib64qtxml4 lib64qtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
lib64xml2_2 lib64xml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

-si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus :
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

-si vous avez Mageia en 64bits, exécutez les commandes ci-dessous :
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

suite des commandes pour Mageia 32 ou 64 bits :
cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

gunzip -S .zip syrthes4.1.1-debian.tgz.part*.zip
cat syrthes4.1.1-debian.tgz.part* >> syrthes4.1.1-debian.tgz
tar xvfz syrthes4.1.1-debian.tgz

cd syrthes4.1.1-debian/src/syrthes-install/
cp -p setup.ini setup.ini.ORI
vi setup.ini

Modifiez le fichier setup.ini comme les parties en gras ci-dessous :

#--------------------------------------------------------
# Architecture Name
#--------------------------------------------------------
#nom_arch Linux_x86_64 <- for specific architecture
#nom_arch <- leave empty for automatic default
# value (based on uname)
nom_arch
#
#--------------------------------------------------------
# C compiler (sequential)
#--------------------------------------------------------
#compC /home/toto/gcc-x.y.z/gcc <- for specific C compiler
#compCX /home/toto/gcc-x.y.z/g++ <- for specific C++ compiler (only needed for MPI installation)
#compC gcc <- leave gcc for automatic default
#compCX g++ <- leave g++ for automatic default
#
compC gcc
compCX g++
#
# Specific options for compiler
#specific_inc= -I /myinclude/inc -I /myinclude2/inc
#specific_lib= -L /mylib/lib1 -L /mylib/lib2
#specific_debug= -g
#specific_option= -D _SYRTHES_MPI_IO_
#
# parallel compilation
#specific_makej= -j8
#
#--------------------------------------------------------
# Graphical user Interface
#--------------------------------------------------------
gui INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Interpreted functions
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# interpreted function module - SYRTHES - sequential version
syrthesppfunc INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - kernel - sequential version
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# SYRTHES - sequential version
syrthesseq INSTALL=yes
#
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - tools for meshes and results conversions
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# for MED format conversion : choose to istall or the path to the libraries
'''#hdf5 USE=yes INSTALL=yes'''
#hdf5 USE=no INSTALL=no
#hdf5 USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/hdf5-1.8.8/arch/MY_ARCH
'''hdf5 USE=yes INSTALL=no'''
#
#
'''#med USE=yes INSTALL=yes'''
#med USE=no INSTALL=no
#med USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/med-3.0.6/arch/MY_ARCH
'''med USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6'''
#
#
# Answer by yes or no
#
# mesh format conversion tool
syrthesconvert INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> Paraview/Ensight
syrthesensight INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> SALOME-MED
syrthesmed INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - parall version (optional)
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
# mpi is required, metis AND/OR scotch are required
#
'''#mpi USE=yes INSTALL=yes'''
#mpi USE=no INSTALL=no
#mpi USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/openmpi-1.4.3/arch/MY_ARCH
''' mpi USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib//openmpi-1.6.5'''
#
'''#metis USE=yes INSTALL=yes'''
#metis USE=no INSTALL=no
#metis USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/metis-5.0.2/arch/MY_ARCH
'''metis USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0'''
#
'''#scotch USE=yes INSTALL=yes'''
#scotch USE=no INSTALL=no
#scotch USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/scotch_5.1.12b/arch/MY_ARCH
'''scotch USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0'''
#
# Answer by yes or no
#
# mesh partitionning - SYRTHES parallel version - rebuilding results file
syrthespp INSTALL=yes
syrthesmpi INSTALL=yes
syrthespost INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Optional extern libraries
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# BLAS Linear algebra library
blas USE=no INSTALL=no
#blas USE=yes PATH=/home/...
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES for coupling with Code-Saturne (optional)
#--------------------------------------------------------
# Warning : MPI installation must be defined before
#
'''#ple USE=no'''
#ple USE=yes PATH=/.../saturne/opt/libple-1.0/arch/MY_ARCH
'''ple USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3'''
#
'''#syrthescfd INSTALL=no'''
'''syrthescfd INSTALL=yes'''
#
#

./syrthes_install.py
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/
ls

Mageia 64bits :
cd Linux_x86_64
Mageia 32bits (remplacer Linux_i586 ci-dessous par le nom exact du répertoire) :
cd Linux_i586

cp -p -r * /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
Editez le fichier syrthes.profile et remplacez la ligne :
SYRTHES4_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/Linux_x86_64
par
SYRTHES4_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

=== 4) Definition des variables d'environnement ===

Afin d'éviter d'indiquer chaque fois le chemin complet vers les binaires ou scripts de Code_Saturne, il est nécessaire : 
- soit d'utiliser un script setenv.sh qui sera à lancer une fois au début de votre travail avec Code_Saturne dans un seul et meme terminal ou 
- soit mettre ces variables d'environnement dans le fichier .bashprofile dans votre repertoire HOME et le travail sera fait une fois pour toutes. 
Voici comment mettre en oeuvre ces 2 solutions :

* création du fichier de chargement des variables d'environnements de Code Saturne dans /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh et mettez-y les lignes ci-dessous :
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile
Rendre executable le fichier
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh

* modification du fichier bashprofile du compte utilisateur
cd
vi .bashprofile
et mettez tout à la fin de ce fichier les lignes suivantes
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile

Code Saturne 3

2013-07-30T11:41:39Z

Yannick56 : /* 0d) Compilation de Metis (Optionnel) */ installation cmake mis dans prérequis

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles supplémentaires ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes >= 4.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes/syrthes-telechargement-280982.html puis prendre les 4 fichiers de la version Debian.

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

En plus du make de mageia3, vous aurez besoin de cmake pour compiler les librairies Metis et CGNSlib :
urpmi cmake

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

Mageia 32bits :
urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Mageia 64bits :
urpmi python lib64python2.7 lib64python-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
lib64qt3support4 lib64qt4-devel lib64qtcore4 lib64qtdbus4 lib64qtdesigner4 lib64qtgui4 lib64qthelp4 lib64qtmultimedia4 lib64qtnetwork4 lib64qtopengl4 \ 
lib64qtscript4 lib64qtscripttools4 lib64qtxml4 lib64qtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
lib64xml2_2 lib64xml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

(si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus)
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

(si vous avez Mageia en 64bits)
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

gunzip -S .zip syrthes4.1.1-debian.tgz.part*.zip
cat syrthes4.1.1-debian.tgz.part* >> syrthes4.1.1-debian.tgz
tar xvfz syrthes4.1.1-debian.tgz

cd syrthes4.1.1-debian/src/syrthes-install/
cp -p setup.ini setup.ini.ORI
vi setup.ini

Modifiez le fichier setup.ini comme les parties en gras ci-dessous :

#--------------------------------------------------------
# Architecture Name
#--------------------------------------------------------
#nom_arch Linux_x86_64 <- for specific architecture
#nom_arch <- leave empty for automatic default
# value (based on uname)
nom_arch
#
#--------------------------------------------------------
# C compiler (sequential)
#--------------------------------------------------------
#compC /home/toto/gcc-x.y.z/gcc <- for specific C compiler
#compCX /home/toto/gcc-x.y.z/g++ <- for specific C++ compiler (only needed for MPI installation)
#compC gcc <- leave gcc for automatic default
#compCX g++ <- leave g++ for automatic default
#
compC gcc
compCX g++
#
# Specific options for compiler
#specific_inc= -I /myinclude/inc -I /myinclude2/inc
#specific_lib= -L /mylib/lib1 -L /mylib/lib2
#specific_debug= -g
#specific_option= -D _SYRTHES_MPI_IO_
#
# parallel compilation
#specific_makej= -j8
#
#--------------------------------------------------------
# Graphical user Interface
#--------------------------------------------------------
gui INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Interpreted functions
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# interpreted function module - SYRTHES - sequential version
syrthesppfunc INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - kernel - sequential version
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# SYRTHES - sequential version
syrthesseq INSTALL=yes
#
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - tools for meshes and results conversions
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# for MED format conversion : choose to istall or the path to the libraries
'''#hdf5 USE=yes INSTALL=yes'''
#hdf5 USE=no INSTALL=no
#hdf5 USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/hdf5-1.8.8/arch/MY_ARCH
'''hdf5 USE=yes INSTALL=no'''
#
#
'''#med USE=yes INSTALL=yes'''
#med USE=no INSTALL=no
#med USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/med-3.0.6/arch/MY_ARCH
'''med USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6'''
#
#
# Answer by yes or no
#
# mesh format conversion tool
syrthesconvert INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> Paraview/Ensight
syrthesensight INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> SALOME-MED
syrthesmed INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - parall version (optional)
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
# mpi is required, metis AND/OR scotch are required
#
'''#mpi USE=yes INSTALL=yes'''
#mpi USE=no INSTALL=no
#mpi USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/openmpi-1.4.3/arch/MY_ARCH
''' mpi USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib//openmpi-1.6.5'''
#
'''#metis USE=yes INSTALL=yes'''
#metis USE=no INSTALL=no
#metis USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/metis-5.0.2/arch/MY_ARCH
'''metis USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0'''
#
'''#scotch USE=yes INSTALL=yes'''
#scotch USE=no INSTALL=no
#scotch USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/scotch_5.1.12b/arch/MY_ARCH
'''scotch USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0'''
#
# Answer by yes or no
#
# mesh partitionning - SYRTHES parallel version - rebuilding results file
syrthespp INSTALL=yes
syrthesmpi INSTALL=yes
syrthespost INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Optional extern libraries
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# BLAS Linear algebra library
blas USE=no INSTALL=no
#blas USE=yes PATH=/home/...
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES for coupling with Code-Saturne (optional)
#--------------------------------------------------------
# Warning : MPI installation must be defined before
#
'''#ple USE=no'''
#ple USE=yes PATH=/.../saturne/opt/libple-1.0/arch/MY_ARCH
'''ple USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3'''
#
'''#syrthescfd INSTALL=no'''
'''syrthescfd INSTALL=yes'''
#
#

./syrthes_install.py
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/
ls

Mageia 64bits :
cd Linux_x86_64
Mageia 32bits (remplacer Linux_i586 ci-dessous par le nom exact du répertoire) :
cd Linux_i586

cp -p -r * /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
Editez le fichier syrthes.profile et remplacez la ligne :
SYRTHES4_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/Linux_x86_64
par
SYRTHES4_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

=== 4) Definition des variables d'environnement ===

Afin d'éviter d'indiquer chaque fois le chemin complet vers les binaires ou scripts de Code_Saturne, il est nécessaire : 
- soit d'utiliser un script setenv.sh qui sera à lancer une fois au début de votre travail avec Code_Saturne dans un seul et meme terminal ou 
- soit mettre ces variables d'environnement dans le fichier .bashprofile dans votre repertoire HOME et le travail sera fait une fois pour toutes. 
Voici comment mettre en oeuvre ces 2 solutions :

* création du fichier de chargement des variables d'environnements de Code Saturne dans /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh et mettez-y les lignes ci-dessous :
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile
Rendre executable le fichier
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh

* modification du fichier bashprofile du compte utilisateur
cd
vi .bashprofile
et mettez tout à la fin de ce fichier les lignes suivantes
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile

Code Saturne 3

2013-07-30T11:40:29Z

Yannick56 : /* Installation des prérequis */ ajout prérequis nécessaire

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles supplémentaires ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes >= 4.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes/syrthes-telechargement-280982.html puis prendre les 4 fichiers de la version Debian.

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

En plus du make de mageia3, vous aurez besoin de cmake pour compiler les librairies Metis et CGNSlib :
urpmi cmake

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

Mageia 32bits :
urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Mageia 64bits :
urpmi python lib64python2.7 lib64python-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
lib64qt3support4 lib64qt4-devel lib64qtcore4 lib64qtdbus4 lib64qtdesigner4 lib64qtgui4 lib64qthelp4 lib64qtmultimedia4 lib64qtnetwork4 lib64qtopengl4 \ 
lib64qtscript4 lib64qtscripttools4 lib64qtxml4 lib64qtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
lib64xml2_2 lib64xml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

(si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus)
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

(si vous avez Mageia en 64bits)
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

urpmi cmake
tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

gunzip -S .zip syrthes4.1.1-debian.tgz.part*.zip
cat syrthes4.1.1-debian.tgz.part* >> syrthes4.1.1-debian.tgz
tar xvfz syrthes4.1.1-debian.tgz

cd syrthes4.1.1-debian/src/syrthes-install/
cp -p setup.ini setup.ini.ORI
vi setup.ini

Modifiez le fichier setup.ini comme les parties en gras ci-dessous :

#--------------------------------------------------------
# Architecture Name
#--------------------------------------------------------
#nom_arch Linux_x86_64 <- for specific architecture
#nom_arch <- leave empty for automatic default
# value (based on uname)
nom_arch
#
#--------------------------------------------------------
# C compiler (sequential)
#--------------------------------------------------------
#compC /home/toto/gcc-x.y.z/gcc <- for specific C compiler
#compCX /home/toto/gcc-x.y.z/g++ <- for specific C++ compiler (only needed for MPI installation)
#compC gcc <- leave gcc for automatic default
#compCX g++ <- leave g++ for automatic default
#
compC gcc
compCX g++
#
# Specific options for compiler
#specific_inc= -I /myinclude/inc -I /myinclude2/inc
#specific_lib= -L /mylib/lib1 -L /mylib/lib2
#specific_debug= -g
#specific_option= -D _SYRTHES_MPI_IO_
#
# parallel compilation
#specific_makej= -j8
#
#--------------------------------------------------------
# Graphical user Interface
#--------------------------------------------------------
gui INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Interpreted functions
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# interpreted function module - SYRTHES - sequential version
syrthesppfunc INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - kernel - sequential version
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# SYRTHES - sequential version
syrthesseq INSTALL=yes
#
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - tools for meshes and results conversions
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# for MED format conversion : choose to istall or the path to the libraries
'''#hdf5 USE=yes INSTALL=yes'''
#hdf5 USE=no INSTALL=no
#hdf5 USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/hdf5-1.8.8/arch/MY_ARCH
'''hdf5 USE=yes INSTALL=no'''
#
#
'''#med USE=yes INSTALL=yes'''
#med USE=no INSTALL=no
#med USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/med-3.0.6/arch/MY_ARCH
'''med USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6'''
#
#
# Answer by yes or no
#
# mesh format conversion tool
syrthesconvert INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> Paraview/Ensight
syrthesensight INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> SALOME-MED
syrthesmed INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - parall version (optional)
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
# mpi is required, metis AND/OR scotch are required
#
'''#mpi USE=yes INSTALL=yes'''
#mpi USE=no INSTALL=no
#mpi USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/openmpi-1.4.3/arch/MY_ARCH
''' mpi USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib//openmpi-1.6.5'''
#
'''#metis USE=yes INSTALL=yes'''
#metis USE=no INSTALL=no
#metis USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/metis-5.0.2/arch/MY_ARCH
'''metis USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0'''
#
'''#scotch USE=yes INSTALL=yes'''
#scotch USE=no INSTALL=no
#scotch USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/scotch_5.1.12b/arch/MY_ARCH
'''scotch USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0'''
#
# Answer by yes or no
#
# mesh partitionning - SYRTHES parallel version - rebuilding results file
syrthespp INSTALL=yes
syrthesmpi INSTALL=yes
syrthespost INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Optional extern libraries
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# BLAS Linear algebra library
blas USE=no INSTALL=no
#blas USE=yes PATH=/home/...
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES for coupling with Code-Saturne (optional)
#--------------------------------------------------------
# Warning : MPI installation must be defined before
#
'''#ple USE=no'''
#ple USE=yes PATH=/.../saturne/opt/libple-1.0/arch/MY_ARCH
'''ple USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3'''
#
'''#syrthescfd INSTALL=no'''
'''syrthescfd INSTALL=yes'''
#
#

./syrthes_install.py
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/
ls

Mageia 64bits :
cd Linux_x86_64
Mageia 32bits (remplacer Linux_i586 ci-dessous par le nom exact du répertoire) :
cd Linux_i586

cp -p -r * /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
Editez le fichier syrthes.profile et remplacez la ligne :
SYRTHES4_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/Linux_x86_64
par
SYRTHES4_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

=== 4) Definition des variables d'environnement ===

Afin d'éviter d'indiquer chaque fois le chemin complet vers les binaires ou scripts de Code_Saturne, il est nécessaire : 
- soit d'utiliser un script setenv.sh qui sera à lancer une fois au début de votre travail avec Code_Saturne dans un seul et meme terminal ou 
- soit mettre ces variables d'environnement dans le fichier .bashprofile dans votre repertoire HOME et le travail sera fait une fois pour toutes. 
Voici comment mettre en oeuvre ces 2 solutions :

* création du fichier de chargement des variables d'environnements de Code Saturne dans /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh et mettez-y les lignes ci-dessous :
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile
Rendre executable le fichier
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh

* modification du fichier bashprofile du compte utilisateur
cd
vi .bashprofile
et mettez tout à la fin de ce fichier les lignes suivantes
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile

Code Saturne 3

2013-07-30T11:14:15Z

Yannick56 : /* Installation des prérequis */ ajout commandes mageia 64 bits pour install python, qt, libxml

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles supplémentaires ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes >= 4.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes/syrthes-telechargement-280982.html puis prendre les 4 fichiers de la version Debian.

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

Mageia 32bits :
urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Mageia 64bits :
urpmi python lib64python2.7 lib64python-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
lib64qt3support4 lib64qt4-devel lib64qtcore4 lib64qtdbus4 lib64qtdesigner4 lib64qtgui4 lib64qthelp4 lib64qtmultimedia4 lib64qtnetwork4 lib64qtopengl4 \ 
lib64qtscript4 lib64qtscripttools4 lib64qtxml4 lib64qtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
lib64xml2_2 lib64xml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

(si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus)
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

(si vous avez Mageia en 64bits)
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

urpmi cmake
tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

gunzip -S .zip syrthes4.1.1-debian.tgz.part*.zip
cat syrthes4.1.1-debian.tgz.part* >> syrthes4.1.1-debian.tgz
tar xvfz syrthes4.1.1-debian.tgz

cd syrthes4.1.1-debian/src/syrthes-install/
cp -p setup.ini setup.ini.ORI
vi setup.ini

Modifiez le fichier setup.ini comme les parties en gras ci-dessous :

#--------------------------------------------------------
# Architecture Name
#--------------------------------------------------------
#nom_arch Linux_x86_64 <- for specific architecture
#nom_arch <- leave empty for automatic default
# value (based on uname)
nom_arch
#
#--------------------------------------------------------
# C compiler (sequential)
#--------------------------------------------------------
#compC /home/toto/gcc-x.y.z/gcc <- for specific C compiler
#compCX /home/toto/gcc-x.y.z/g++ <- for specific C++ compiler (only needed for MPI installation)
#compC gcc <- leave gcc for automatic default
#compCX g++ <- leave g++ for automatic default
#
compC gcc
compCX g++
#
# Specific options for compiler
#specific_inc= -I /myinclude/inc -I /myinclude2/inc
#specific_lib= -L /mylib/lib1 -L /mylib/lib2
#specific_debug= -g
#specific_option= -D _SYRTHES_MPI_IO_
#
# parallel compilation
#specific_makej= -j8
#
#--------------------------------------------------------
# Graphical user Interface
#--------------------------------------------------------
gui INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Interpreted functions
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# interpreted function module - SYRTHES - sequential version
syrthesppfunc INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - kernel - sequential version
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# SYRTHES - sequential version
syrthesseq INSTALL=yes
#
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - tools for meshes and results conversions
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# for MED format conversion : choose to istall or the path to the libraries
'''#hdf5 USE=yes INSTALL=yes'''
#hdf5 USE=no INSTALL=no
#hdf5 USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/hdf5-1.8.8/arch/MY_ARCH
'''hdf5 USE=yes INSTALL=no'''
#
#
'''#med USE=yes INSTALL=yes'''
#med USE=no INSTALL=no
#med USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/med-3.0.6/arch/MY_ARCH
'''med USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6'''
#
#
# Answer by yes or no
#
# mesh format conversion tool
syrthesconvert INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> Paraview/Ensight
syrthesensight INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> SALOME-MED
syrthesmed INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - parall version (optional)
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
# mpi is required, metis AND/OR scotch are required
#
'''#mpi USE=yes INSTALL=yes'''
#mpi USE=no INSTALL=no
#mpi USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/openmpi-1.4.3/arch/MY_ARCH
''' mpi USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib//openmpi-1.6.5'''
#
'''#metis USE=yes INSTALL=yes'''
#metis USE=no INSTALL=no
#metis USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/metis-5.0.2/arch/MY_ARCH
'''metis USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0'''
#
'''#scotch USE=yes INSTALL=yes'''
#scotch USE=no INSTALL=no
#scotch USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/scotch_5.1.12b/arch/MY_ARCH
'''scotch USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0'''
#
# Answer by yes or no
#
# mesh partitionning - SYRTHES parallel version - rebuilding results file
syrthespp INSTALL=yes
syrthesmpi INSTALL=yes
syrthespost INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Optional extern libraries
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# BLAS Linear algebra library
blas USE=no INSTALL=no
#blas USE=yes PATH=/home/...
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES for coupling with Code-Saturne (optional)
#--------------------------------------------------------
# Warning : MPI installation must be defined before
#
'''#ple USE=no'''
#ple USE=yes PATH=/.../saturne/opt/libple-1.0/arch/MY_ARCH
'''ple USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3'''
#
'''#syrthescfd INSTALL=no'''
'''syrthescfd INSTALL=yes'''
#
#

./syrthes_install.py
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/
ls

Mageia 64bits :
cd Linux_x86_64
Mageia 32bits (remplacer Linux_i586 ci-dessous par le nom exact du répertoire) :
cd Linux_i586

cp -p -r * /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
Editez le fichier syrthes.profile et remplacez la ligne :
SYRTHES4_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/Linux_x86_64
par
SYRTHES4_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

=== 4) Definition des variables d'environnement ===

Afin d'éviter d'indiquer chaque fois le chemin complet vers les binaires ou scripts de Code_Saturne, il est nécessaire : 
- soit d'utiliser un script setenv.sh qui sera à lancer une fois au début de votre travail avec Code_Saturne dans un seul et meme terminal ou 
- soit mettre ces variables d'environnement dans le fichier .bashprofile dans votre repertoire HOME et le travail sera fait une fois pour toutes. 
Voici comment mettre en oeuvre ces 2 solutions :

* création du fichier de chargement des variables d'environnements de Code Saturne dans /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh et mettez-y les lignes ci-dessous :
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile
Rendre executable le fichier
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh

* modification du fichier bashprofile du compte utilisateur
cd
vi .bashprofile
et mettez tout à la fin de ce fichier les lignes suivantes
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile

Code Saturne 3

2013-07-28T19:18:19Z

Yannick56 : /* Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes */ ajout 4) Definition des variables d'environnement

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles supplémentaires ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes >= 4.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes/syrthes-telechargement-280982.html puis prendre les 4 fichiers de la version Debian.

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

(si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus)
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

(si vous avez Mageia en 64bits)
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

urpmi cmake
tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

gunzip -S .zip syrthes4.1.1-debian.tgz.part*.zip
cat syrthes4.1.1-debian.tgz.part* >> syrthes4.1.1-debian.tgz
tar xvfz syrthes4.1.1-debian.tgz

cd syrthes4.1.1-debian/src/syrthes-install/
cp -p setup.ini setup.ini.ORI
vi setup.ini

Modifiez le fichier setup.ini comme les parties en gras ci-dessous :

#--------------------------------------------------------
# Architecture Name
#--------------------------------------------------------
#nom_arch Linux_x86_64 <- for specific architecture
#nom_arch <- leave empty for automatic default
# value (based on uname)
nom_arch
#
#--------------------------------------------------------
# C compiler (sequential)
#--------------------------------------------------------
#compC /home/toto/gcc-x.y.z/gcc <- for specific C compiler
#compCX /home/toto/gcc-x.y.z/g++ <- for specific C++ compiler (only needed for MPI installation)
#compC gcc <- leave gcc for automatic default
#compCX g++ <- leave g++ for automatic default
#
compC gcc
compCX g++
#
# Specific options for compiler
#specific_inc= -I /myinclude/inc -I /myinclude2/inc
#specific_lib= -L /mylib/lib1 -L /mylib/lib2
#specific_debug= -g
#specific_option= -D _SYRTHES_MPI_IO_
#
# parallel compilation
#specific_makej= -j8
#
#--------------------------------------------------------
# Graphical user Interface
#--------------------------------------------------------
gui INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Interpreted functions
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# interpreted function module - SYRTHES - sequential version
syrthesppfunc INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - kernel - sequential version
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# SYRTHES - sequential version
syrthesseq INSTALL=yes
#
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - tools for meshes and results conversions
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# for MED format conversion : choose to istall or the path to the libraries
'''#hdf5 USE=yes INSTALL=yes'''
#hdf5 USE=no INSTALL=no
#hdf5 USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/hdf5-1.8.8/arch/MY_ARCH
'''hdf5 USE=yes INSTALL=no'''
#
#
'''#med USE=yes INSTALL=yes'''
#med USE=no INSTALL=no
#med USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/med-3.0.6/arch/MY_ARCH
'''med USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6'''
#
#
# Answer by yes or no
#
# mesh format conversion tool
syrthesconvert INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> Paraview/Ensight
syrthesensight INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> SALOME-MED
syrthesmed INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - parall version (optional)
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
# mpi is required, metis AND/OR scotch are required
#
'''#mpi USE=yes INSTALL=yes'''
#mpi USE=no INSTALL=no
#mpi USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/openmpi-1.4.3/arch/MY_ARCH
''' mpi USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib//openmpi-1.6.5'''
#
'''#metis USE=yes INSTALL=yes'''
#metis USE=no INSTALL=no
#metis USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/metis-5.0.2/arch/MY_ARCH
'''metis USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0'''
#
'''#scotch USE=yes INSTALL=yes'''
#scotch USE=no INSTALL=no
#scotch USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/scotch_5.1.12b/arch/MY_ARCH
'''scotch USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0'''
#
# Answer by yes or no
#
# mesh partitionning - SYRTHES parallel version - rebuilding results file
syrthespp INSTALL=yes
syrthesmpi INSTALL=yes
syrthespost INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Optional extern libraries
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# BLAS Linear algebra library
blas USE=no INSTALL=no
#blas USE=yes PATH=/home/...
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES for coupling with Code-Saturne (optional)
#--------------------------------------------------------
# Warning : MPI installation must be defined before
#
'''#ple USE=no'''
#ple USE=yes PATH=/.../saturne/opt/libple-1.0/arch/MY_ARCH
'''ple USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3'''
#
'''#syrthescfd INSTALL=no'''
'''syrthescfd INSTALL=yes'''
#
#

./syrthes_install.py
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/
ls

Mageia 64bits :
cd Linux_x86_64
Mageia 32bits (remplacer Linux_i586 ci-dessous par le nom exact du répertoire) :
cd Linux_i586

cp -p -r * /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
Editez le fichier syrthes.profile et remplacez la ligne :
SYRTHES4_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/Linux_x86_64
par
SYRTHES4_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

=== 4) Definition des variables d'environnement ===

Afin d'éviter d'indiquer chaque fois le chemin complet vers les binaires ou scripts de Code_Saturne, il est nécessaire : 
- soit d'utiliser un script setenv.sh qui sera à lancer une fois au début de votre travail avec Code_Saturne dans un seul et meme terminal ou 
- soit mettre ces variables d'environnement dans le fichier .bashprofile dans votre repertoire HOME et le travail sera fait une fois pour toutes. 
Voici comment mettre en oeuvre ces 2 solutions :

* création du fichier de chargement des variables d'environnements de Code Saturne dans /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh et mettez-y les lignes ci-dessous :
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile
Rendre executable le fichier
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/bin/setenv.sh

* modification du fichier bashprofile du compte utilisateur
cd
vi .bashprofile
et mettez tout à la fin de ce fichier les lignes suivantes
# setup code saturne environment
export PATH=$PATH:/opt/code_saturne-3.0.1/bin/
# syrthes
. /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin/syrthes.profile

Code Saturne 3

2013-07-28T19:12:37Z

Yannick56 : /* Bibliothèques optionnelles */

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles supplémentaires ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes >= 4.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes/syrthes-telechargement-280982.html puis prendre les 4 fichiers de la version Debian.

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

(si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus)
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

(si vous avez Mageia en 64bits)
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

urpmi cmake
tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

gunzip -S .zip syrthes4.1.1-debian.tgz.part*.zip
cat syrthes4.1.1-debian.tgz.part* >> syrthes4.1.1-debian.tgz
tar xvfz syrthes4.1.1-debian.tgz

cd syrthes4.1.1-debian/src/syrthes-install/
cp -p setup.ini setup.ini.ORI
vi setup.ini

Modifiez le fichier setup.ini comme les parties en gras ci-dessous :

#--------------------------------------------------------
# Architecture Name
#--------------------------------------------------------
#nom_arch Linux_x86_64 <- for specific architecture
#nom_arch <- leave empty for automatic default
# value (based on uname)
nom_arch
#
#--------------------------------------------------------
# C compiler (sequential)
#--------------------------------------------------------
#compC /home/toto/gcc-x.y.z/gcc <- for specific C compiler
#compCX /home/toto/gcc-x.y.z/g++ <- for specific C++ compiler (only needed for MPI installation)
#compC gcc <- leave gcc for automatic default
#compCX g++ <- leave g++ for automatic default
#
compC gcc
compCX g++
#
# Specific options for compiler
#specific_inc= -I /myinclude/inc -I /myinclude2/inc
#specific_lib= -L /mylib/lib1 -L /mylib/lib2
#specific_debug= -g
#specific_option= -D _SYRTHES_MPI_IO_
#
# parallel compilation
#specific_makej= -j8
#
#--------------------------------------------------------
# Graphical user Interface
#--------------------------------------------------------
gui INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Interpreted functions
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# interpreted function module - SYRTHES - sequential version
syrthesppfunc INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - kernel - sequential version
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# SYRTHES - sequential version
syrthesseq INSTALL=yes
#
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - tools for meshes and results conversions
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# for MED format conversion : choose to istall or the path to the libraries
'''#hdf5 USE=yes INSTALL=yes'''
#hdf5 USE=no INSTALL=no
#hdf5 USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/hdf5-1.8.8/arch/MY_ARCH
'''hdf5 USE=yes INSTALL=no'''
#
#
'''#med USE=yes INSTALL=yes'''
#med USE=no INSTALL=no
#med USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/med-3.0.6/arch/MY_ARCH
'''med USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6'''
#
#
# Answer by yes or no
#
# mesh format conversion tool
syrthesconvert INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> Paraview/Ensight
syrthesensight INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> SALOME-MED
syrthesmed INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - parall version (optional)
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
# mpi is required, metis AND/OR scotch are required
#
'''#mpi USE=yes INSTALL=yes'''
#mpi USE=no INSTALL=no
#mpi USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/openmpi-1.4.3/arch/MY_ARCH
''' mpi USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib//openmpi-1.6.5'''
#
'''#metis USE=yes INSTALL=yes'''
#metis USE=no INSTALL=no
#metis USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/metis-5.0.2/arch/MY_ARCH
'''metis USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0'''
#
'''#scotch USE=yes INSTALL=yes'''
#scotch USE=no INSTALL=no
#scotch USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/scotch_5.1.12b/arch/MY_ARCH
'''scotch USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0'''
#
# Answer by yes or no
#
# mesh partitionning - SYRTHES parallel version - rebuilding results file
syrthespp INSTALL=yes
syrthesmpi INSTALL=yes
syrthespost INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Optional extern libraries
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# BLAS Linear algebra library
blas USE=no INSTALL=no
#blas USE=yes PATH=/home/...
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES for coupling with Code-Saturne (optional)
#--------------------------------------------------------
# Warning : MPI installation must be defined before
#
'''#ple USE=no'''
#ple USE=yes PATH=/.../saturne/opt/libple-1.0/arch/MY_ARCH
'''ple USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3'''
#
'''#syrthescfd INSTALL=no'''
'''syrthescfd INSTALL=yes'''
#
#

./syrthes_install.py
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/
ls

Mageia 64bits :
cd Linux_x86_64
Mageia 32bits (remplacer Linux_i586 ci-dessous par le nom exact du répertoire) :
cd Linux_i586

cp -p -r * /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
Editez le fichier syrthes.profile et remplacez la ligne :
SYRTHES4_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/Linux_x86_64
par
SYRTHES4_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

Code Saturne 3

2013-07-28T19:12:13Z

Yannick56 : /* Bibliothèques optionnelles OBSOLETES */

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes >= 4.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes/syrthes-telechargement-280982.html puis prendre les 4 fichiers de la version Debian.

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

(si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus)
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

(si vous avez Mageia en 64bits)
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

urpmi cmake
tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

gunzip -S .zip syrthes4.1.1-debian.tgz.part*.zip
cat syrthes4.1.1-debian.tgz.part* >> syrthes4.1.1-debian.tgz
tar xvfz syrthes4.1.1-debian.tgz

cd syrthes4.1.1-debian/src/syrthes-install/
cp -p setup.ini setup.ini.ORI
vi setup.ini

Modifiez le fichier setup.ini comme les parties en gras ci-dessous :

#--------------------------------------------------------
# Architecture Name
#--------------------------------------------------------
#nom_arch Linux_x86_64 <- for specific architecture
#nom_arch <- leave empty for automatic default
# value (based on uname)
nom_arch
#
#--------------------------------------------------------
# C compiler (sequential)
#--------------------------------------------------------
#compC /home/toto/gcc-x.y.z/gcc <- for specific C compiler
#compCX /home/toto/gcc-x.y.z/g++ <- for specific C++ compiler (only needed for MPI installation)
#compC gcc <- leave gcc for automatic default
#compCX g++ <- leave g++ for automatic default
#
compC gcc
compCX g++
#
# Specific options for compiler
#specific_inc= -I /myinclude/inc -I /myinclude2/inc
#specific_lib= -L /mylib/lib1 -L /mylib/lib2
#specific_debug= -g
#specific_option= -D _SYRTHES_MPI_IO_
#
# parallel compilation
#specific_makej= -j8
#
#--------------------------------------------------------
# Graphical user Interface
#--------------------------------------------------------
gui INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Interpreted functions
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# interpreted function module - SYRTHES - sequential version
syrthesppfunc INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - kernel - sequential version
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# SYRTHES - sequential version
syrthesseq INSTALL=yes
#
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - tools for meshes and results conversions
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# for MED format conversion : choose to istall or the path to the libraries
'''#hdf5 USE=yes INSTALL=yes'''
#hdf5 USE=no INSTALL=no
#hdf5 USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/hdf5-1.8.8/arch/MY_ARCH
'''hdf5 USE=yes INSTALL=no'''
#
#
'''#med USE=yes INSTALL=yes'''
#med USE=no INSTALL=no
#med USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/med-3.0.6/arch/MY_ARCH
'''med USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6'''
#
#
# Answer by yes or no
#
# mesh format conversion tool
syrthesconvert INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> Paraview/Ensight
syrthesensight INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> SALOME-MED
syrthesmed INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - parall version (optional)
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
# mpi is required, metis AND/OR scotch are required
#
'''#mpi USE=yes INSTALL=yes'''
#mpi USE=no INSTALL=no
#mpi USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/openmpi-1.4.3/arch/MY_ARCH
''' mpi USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib//openmpi-1.6.5'''
#
'''#metis USE=yes INSTALL=yes'''
#metis USE=no INSTALL=no
#metis USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/metis-5.0.2/arch/MY_ARCH
'''metis USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0'''
#
'''#scotch USE=yes INSTALL=yes'''
#scotch USE=no INSTALL=no
#scotch USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/scotch_5.1.12b/arch/MY_ARCH
'''scotch USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0'''
#
# Answer by yes or no
#
# mesh partitionning - SYRTHES parallel version - rebuilding results file
syrthespp INSTALL=yes
syrthesmpi INSTALL=yes
syrthespost INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Optional extern libraries
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# BLAS Linear algebra library
blas USE=no INSTALL=no
#blas USE=yes PATH=/home/...
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES for coupling with Code-Saturne (optional)
#--------------------------------------------------------
# Warning : MPI installation must be defined before
#
'''#ple USE=no'''
#ple USE=yes PATH=/.../saturne/opt/libple-1.0/arch/MY_ARCH
'''ple USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3'''
#
'''#syrthescfd INSTALL=no'''
'''syrthescfd INSTALL=yes'''
#
#

./syrthes_install.py
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/
ls

Mageia 64bits :
cd Linux_x86_64
Mageia 32bits (remplacer Linux_i586 ci-dessous par le nom exact du répertoire) :
cd Linux_i586

cp -p -r * /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
Editez le fichier syrthes.profile et remplacez la ligne :
SYRTHES4_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/Linux_x86_64
par
SYRTHES4_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

Code Saturne 3

2013-07-28T19:11:58Z

Yannick56 : /* Bibliothèques optionnelles OBSOLETES ??? */ supression swig et mise ajour partie syrthes

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles OBSOLETES ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes >= 4.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes/syrthes-telechargement-280982.html puis prendre les 4 fichiers de la version Debian.

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

(si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus)
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

(si vous avez Mageia en 64bits)
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

urpmi cmake
tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

gunzip -S .zip syrthes4.1.1-debian.tgz.part*.zip
cat syrthes4.1.1-debian.tgz.part* >> syrthes4.1.1-debian.tgz
tar xvfz syrthes4.1.1-debian.tgz

cd syrthes4.1.1-debian/src/syrthes-install/
cp -p setup.ini setup.ini.ORI
vi setup.ini

Modifiez le fichier setup.ini comme les parties en gras ci-dessous :

#--------------------------------------------------------
# Architecture Name
#--------------------------------------------------------
#nom_arch Linux_x86_64 <- for specific architecture
#nom_arch <- leave empty for automatic default
# value (based on uname)
nom_arch
#
#--------------------------------------------------------
# C compiler (sequential)
#--------------------------------------------------------
#compC /home/toto/gcc-x.y.z/gcc <- for specific C compiler
#compCX /home/toto/gcc-x.y.z/g++ <- for specific C++ compiler (only needed for MPI installation)
#compC gcc <- leave gcc for automatic default
#compCX g++ <- leave g++ for automatic default
#
compC gcc
compCX g++
#
# Specific options for compiler
#specific_inc= -I /myinclude/inc -I /myinclude2/inc
#specific_lib= -L /mylib/lib1 -L /mylib/lib2
#specific_debug= -g
#specific_option= -D _SYRTHES_MPI_IO_
#
# parallel compilation
#specific_makej= -j8
#
#--------------------------------------------------------
# Graphical user Interface
#--------------------------------------------------------
gui INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Interpreted functions
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# interpreted function module - SYRTHES - sequential version
syrthesppfunc INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - kernel - sequential version
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# SYRTHES - sequential version
syrthesseq INSTALL=yes
#
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - tools for meshes and results conversions
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# for MED format conversion : choose to istall or the path to the libraries
'''#hdf5 USE=yes INSTALL=yes'''
#hdf5 USE=no INSTALL=no
#hdf5 USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/hdf5-1.8.8/arch/MY_ARCH
'''hdf5 USE=yes INSTALL=no'''
#
#
'''#med USE=yes INSTALL=yes'''
#med USE=no INSTALL=no
#med USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/med-3.0.6/arch/MY_ARCH
'''med USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6'''
#
#
# Answer by yes or no
#
# mesh format conversion tool
syrthesconvert INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> Paraview/Ensight
syrthesensight INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> SALOME-MED
syrthesmed INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - parall version (optional)
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
# mpi is required, metis AND/OR scotch are required
#
'''#mpi USE=yes INSTALL=yes'''
#mpi USE=no INSTALL=no
#mpi USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/openmpi-1.4.3/arch/MY_ARCH
''' mpi USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib//openmpi-1.6.5'''
#
'''#metis USE=yes INSTALL=yes'''
#metis USE=no INSTALL=no
#metis USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/metis-5.0.2/arch/MY_ARCH
'''metis USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0'''
#
'''#scotch USE=yes INSTALL=yes'''
#scotch USE=no INSTALL=no
#scotch USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/scotch_5.1.12b/arch/MY_ARCH
'''scotch USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0'''
#
# Answer by yes or no
#
# mesh partitionning - SYRTHES parallel version - rebuilding results file
syrthespp INSTALL=yes
syrthesmpi INSTALL=yes
syrthespost INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Optional extern libraries
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# BLAS Linear algebra library
blas USE=no INSTALL=no
#blas USE=yes PATH=/home/...
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES for coupling with Code-Saturne (optional)
#--------------------------------------------------------
# Warning : MPI installation must be defined before
#
'''#ple USE=no'''
#ple USE=yes PATH=/.../saturne/opt/libple-1.0/arch/MY_ARCH
'''ple USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3'''
#
'''#syrthescfd INSTALL=no'''
'''syrthescfd INSTALL=yes'''
#
#

./syrthes_install.py
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/
ls

Mageia 64bits :
cd Linux_x86_64
Mageia 32bits (remplacer Linux_i586 ci-dessous par le nom exact du répertoire) :
cd Linux_i586

cp -p -r * /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
Editez le fichier syrthes.profile et remplacez la ligne :
SYRTHES4_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/Linux_x86_64
par
SYRTHES4_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

Code Saturne 3

2013-07-28T18:58:42Z

Yannick56 : /* 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) */ mise ajour pour syrthes-4.1.1

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles OBSOLETES ??? ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes > 3.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

ATTENTION : Code_Saturne 3.0.x devrait être compatible avec Syrthes > 4.0.x ([http://code-saturne.org/cms/download/2.1 Source]).
Veuillez donc utilisez la dernière version de Syrthes 3.4.x pour Code_Saturne 2.0.x .

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/fichiers/fckeditor/Commun/Innovation/logiciels/syrthes/syrthes3.4.3.zip

* swig: > 1.3.30 - (necessary for the MEI library)
Téléchargement des sources : http://www.swig.org/download.html

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

(si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus)
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

(si vous avez Mageia en 64bits)
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

urpmi cmake
tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

gunzip -S .zip syrthes4.1.1-debian.tgz.part*.zip
cat syrthes4.1.1-debian.tgz.part* >> syrthes4.1.1-debian.tgz
tar xvfz syrthes4.1.1-debian.tgz

cd syrthes4.1.1-debian/src/syrthes-install/
cp -p setup.ini setup.ini.ORI
vi setup.ini

Modifiez le fichier setup.ini comme les parties en gras ci-dessous :

#--------------------------------------------------------
# Architecture Name
#--------------------------------------------------------
#nom_arch Linux_x86_64 <- for specific architecture
#nom_arch <- leave empty for automatic default
# value (based on uname)
nom_arch
#
#--------------------------------------------------------
# C compiler (sequential)
#--------------------------------------------------------
#compC /home/toto/gcc-x.y.z/gcc <- for specific C compiler
#compCX /home/toto/gcc-x.y.z/g++ <- for specific C++ compiler (only needed for MPI installation)
#compC gcc <- leave gcc for automatic default
#compCX g++ <- leave g++ for automatic default
#
compC gcc
compCX g++
#
# Specific options for compiler
#specific_inc= -I /myinclude/inc -I /myinclude2/inc
#specific_lib= -L /mylib/lib1 -L /mylib/lib2
#specific_debug= -g
#specific_option= -D _SYRTHES_MPI_IO_
#
# parallel compilation
#specific_makej= -j8
#
#--------------------------------------------------------
# Graphical user Interface
#--------------------------------------------------------
gui INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Interpreted functions
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# interpreted function module - SYRTHES - sequential version
syrthesppfunc INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - kernel - sequential version
#--------------------------------------------------------
# Answer by yes or no
#
# SYRTHES - sequential version
syrthesseq INSTALL=yes
#
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - tools for meshes and results conversions
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# for MED format conversion : choose to istall or the path to the libraries
'''#hdf5 USE=yes INSTALL=yes'''
#hdf5 USE=no INSTALL=no
#hdf5 USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/hdf5-1.8.8/arch/MY_ARCH
'''hdf5 USE=yes INSTALL=no'''
#
#
'''#med USE=yes INSTALL=yes'''
#med USE=no INSTALL=no
#med USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/med-3.0.6/arch/MY_ARCH
'''med USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6'''
#
#
# Answer by yes or no
#
# mesh format conversion tool
syrthesconvert INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> Paraview/Ensight
syrthesensight INSTALL=yes
#
# results file format conversion tool SYRTHES --> SALOME-MED
syrthesmed INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES4 - parall version (optional)
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
# mpi is required, metis AND/OR scotch are required
#
'''#mpi USE=yes INSTALL=yes'''
#mpi USE=no INSTALL=no
#mpi USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/openmpi-1.4.3/arch/MY_ARCH
''' mpi USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib//openmpi-1.6.5'''
#
'''#metis USE=yes INSTALL=yes'''
#metis USE=no INSTALL=no
#metis USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/metis-5.0.2/arch/MY_ARCH
'''metis USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0'''
#
'''#scotch USE=yes INSTALL=yes'''
#scotch USE=no INSTALL=no
#scotch USE=yes PATH=/.../syrthes4.1/extern-libraries/opt/scotch_5.1.12b/arch/MY_ARCH
'''scotch USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0'''
#
# Answer by yes or no
#
# mesh partitionning - SYRTHES parallel version - rebuilding results file
syrthespp INSTALL=yes
syrthesmpi INSTALL=yes
syrthespost INSTALL=yes
#
#--------------------------------------------------------
# Optional extern libraries
#--------------------------------------------------------
# Choose your type of installation and answer by yes or no
# Select the line corresponding to your choice
#
# BLAS Linear algebra library
blas USE=no INSTALL=no
#blas USE=yes PATH=/home/...
#
#--------------------------------------------------------
# SYRTHES for coupling with Code-Saturne (optional)
#--------------------------------------------------------
# Warning : MPI installation must be defined before
#
'''#ple USE=no'''
#ple USE=yes PATH=/.../saturne/opt/libple-1.0/arch/MY_ARCH
'''ple USE=yes PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3'''
#
'''#syrthescfd INSTALL=no'''
'''syrthescfd INSTALL=yes'''
#
#

./syrthes_install.py
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/
ls

Mageia 64bits :
cd Linux_x86_64
Mageia 32bits (remplacer Linux_i586 ci-dessous par le nom exact du répertoire) :
cd Linux_i586

cp -p -r * /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1
cd /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1/bin
Editez le fichier syrthes.profile et remplacez la ligne :
SYRTHES4_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes4.1.1-debian/arch/Linux_x86_64
par
SYRTHES4_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-4.1.1

Code Saturne 3

2013-07-28T17:59:17Z

Yannick56 : /* Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes */ ajout précisions

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles OBSOLETES ??? ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes > 3.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

ATTENTION : Code_Saturne 3.0.x devrait être compatible avec Syrthes > 4.0.x ([http://code-saturne.org/cms/download/2.1 Source]).
Veuillez donc utilisez la dernière version de Syrthes 3.4.x pour Code_Saturne 2.0.x .

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/fichiers/fckeditor/Commun/Innovation/logiciels/syrthes/syrthes3.4.3.zip

* swig: > 1.3.30 - (necessary for the MEI library)
Téléchargement des sources : http://www.swig.org/download.html

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

'''Note''' : je considère ici que le code source de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été téléchargés via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources de code_saturne et ds librairies optionnelles ou obligatoires ont été déposés dans le répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

(si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus)
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

(si vous avez Mageia en 64bits)
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

urpmi cmake
tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

urpmi dos2unix
unzip syrthes3.4.3.zip
cd syrthes3.4.3
cd bin
Note : /home/user/code-saturne est le répertoire ou les sources ont été décompressés.

export NOM_ARCH=Linux
export PATHSYR=/home/user/code-saturne
export SYRTHES_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes3.4.3
export PATH=/home/user/code-saturne/syrthes3.4.3/bin:/home/webadm/code-saturne/syrthes3.4.3/bin/Linux:$PATH
make install
make exe
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/include
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/lib
cd ..
cp -p -r lib/Linux/* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/lib
cp include/* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/include
cp -p bin/syrthes /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
chmod a+x bin/syrthes_create_case
dos2unix bin/syrthes_create_case
cp -p bin/Linux/syrthes2ensight /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
cp -p bin/syrthes_create_case /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
cp -p bin/Makefile /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
cp -p bin/Makefile.in /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
cd ..
Créer le fichier /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin/syrthes.profile avec editeur de texte préféré ou vi et mettez y :
export NOM_ARCH=Linux
export PATHSYR=/opt/code_saturne-3.0.1/lib
export PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin:/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin/Linux:$PATH
export SYRTHES_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3

Code Saturne 3

2013-07-28T17:56:06Z

Yannick56 : /* 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface) */ ajout compilation de lib PLE à part

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles OBSOLETES ??? ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes > 3.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

ATTENTION : Code_Saturne 3.0.x devrait être compatible avec Syrthes > 4.0.x ([http://code-saturne.org/cms/download/2.1 Source]).
Veuillez donc utilisez la dernière version de Syrthes 3.4.x pour Code_Saturne 2.0.x .

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/fichiers/fckeditor/Commun/Innovation/logiciels/syrthes/syrthes3.4.3.zip

* swig: > 1.3.30 - (necessary for the MEI library)
Téléchargement des sources : http://www.swig.org/download.html

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

Note : je considère ici que le code source de code_saturne a été téléchargé via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources ci-dessous ont été déposés dans un répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

(si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus)
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

(si vous avez Mageia en 64bits)
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

urpmi cmake
tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz

Compilation de la librairie libple :
cd code_saturne-3.0.1/libple
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libple-1.0.3 \
--with-pic \
--with-mpi=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5
make
make install
cd ..

Configuration minimale code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS pour code_saturne :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

urpmi dos2unix
unzip syrthes3.4.3.zip
cd syrthes3.4.3
cd bin
Note : /home/user/code-saturne est le répertoire ou les sources ont été décompressés.

export NOM_ARCH=Linux
export PATHSYR=/home/user/code-saturne
export SYRTHES_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes3.4.3
export PATH=/home/user/code-saturne/syrthes3.4.3/bin:/home/webadm/code-saturne/syrthes3.4.3/bin/Linux:$PATH
make install
make exe
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/include
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/lib
cd ..
cp -p -r lib/Linux/* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/lib
cp include/* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/include
cp -p bin/syrthes /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
chmod a+x bin/syrthes_create_case
dos2unix bin/syrthes_create_case
cp -p bin/Linux/syrthes2ensight /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
cp -p bin/syrthes_create_case /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
cp -p bin/Makefile /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
cp -p bin/Makefile.in /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
cd ..
Créer le fichier /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin/syrthes.profile avec editeur de texte préféré ou vi et mettez y :
export NOM_ARCH=Linux
export PATHSYR=/opt/code_saturne-3.0.1/lib
export PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin:/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin/Linux:$PATH
export SYRTHES_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3

Code Saturne 3

2013-07-28T17:32:27Z

Yannick56 : /* Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes */ ajout de 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne)

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles OBSOLETES ??? ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes > 3.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

ATTENTION : Code_Saturne 3.0.x devrait être compatible avec Syrthes > 4.0.x ([http://code-saturne.org/cms/download/2.1 Source]).
Veuillez donc utilisez la dernière version de Syrthes 3.4.x pour Code_Saturne 2.0.x .

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/fichiers/fckeditor/Commun/Innovation/logiciels/syrthes/syrthes3.4.3.zip

* swig: > 1.3.30 - (necessary for the MEI library)
Téléchargement des sources : http://www.swig.org/download.html

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

Note : je considère ici que le code source de code_saturne a été téléchargé via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources ci-dessous ont été déposés dans un répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

(si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus)
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

(si vous avez Mageia en 64bits)
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

urpmi cmake
tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 0f) Compilation de OpenMPI (Optionnel) (mais OBLIGATOIRE pour utiliser SYRTHES avec Code_Saturne) ===

Pour utiliser Code_Saturne avec Syrthes, il est obligatoire que Code_saturne et Syrthes utilisent la même version d'OpenMPI et de la librairie PLE (inclus dans Code_saturne pour cette dernière).
Voir documentation d'installation de Code_saturne 3.0, chapitre 7- Installing for SYRTHES coupling.
De plus Syrthes n'arrivent pas à trouver les librairies même statiques fournies par les rpm OpenMPI dans les dépots Mageia.

tar xzvf openmpi-1.6.5.tar.gz
cd openmpi-1.6.5
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5 --enable-static
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/openmpi-1.6.5/lib
cd ..

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz
cd code_saturne-3.0.1

Configuration minimale :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

urpmi dos2unix
unzip syrthes3.4.3.zip
cd syrthes3.4.3
cd bin
Note : /home/user/code-saturne est le répertoire ou les sources ont été décompressés.

export NOM_ARCH=Linux
export PATHSYR=/home/user/code-saturne
export SYRTHES_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes3.4.3
export PATH=/home/user/code-saturne/syrthes3.4.3/bin:/home/webadm/code-saturne/syrthes3.4.3/bin/Linux:$PATH
make install
make exe
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/include
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/lib
cd ..
cp -p -r lib/Linux/* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/lib
cp include/* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/include
cp -p bin/syrthes /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
chmod a+x bin/syrthes_create_case
dos2unix bin/syrthes_create_case
cp -p bin/Linux/syrthes2ensight /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
cp -p bin/syrthes_create_case /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
cp -p bin/Makefile /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
cp -p bin/Makefile.in /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
cd ..
Créer le fichier /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin/syrthes.profile avec editeur de texte préféré ou vi et mettez y :
export NOM_ARCH=Linux
export PATHSYR=/opt/code_saturne-3.0.1/lib
export PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin:/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin/Linux:$PATH
export SYRTHES_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3

Code Saturne 3

2013-07-27T21:24:39Z

Yannick56 : /* 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) */ ajout compilation des librairies statiques

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles OBSOLETES ??? ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes > 3.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

ATTENTION : Code_Saturne 3.0.x devrait être compatible avec Syrthes > 4.0.x ([http://code-saturne.org/cms/download/2.1 Source]).
Veuillez donc utilisez la dernière version de Syrthes 3.4.x pour Code_Saturne 2.0.x .

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/fichiers/fckeditor/Commun/Innovation/logiciels/syrthes/syrthes3.4.3.zip

* swig: > 1.3.30 - (necessary for the MEI library)
Téléchargement des sources : http://www.swig.org/download.html

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

Note : je considère ici que le code source de code_saturne a été téléchargé via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources ci-dessous ont été déposés dans un répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

(si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus)
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

(si vous avez Mageia en 64bits)
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

urpmi cmake
tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

Mageia 64 bits / Compilation des librairies dynamiques nécessaires pour Code_Saturne et compilation ensuite des librairies statiques nécessaires pour Syrthes.
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc
make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
make clean
cp -p -f Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2 ./Makefile.inc
make
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install

ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz
cd code_saturne-3.0.1

Configuration minimale :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

urpmi dos2unix
unzip syrthes3.4.3.zip
cd syrthes3.4.3
cd bin
Note : /home/user/code-saturne est le répertoire ou les sources ont été décompressés.

export NOM_ARCH=Linux
export PATHSYR=/home/user/code-saturne
export SYRTHES_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes3.4.3
export PATH=/home/user/code-saturne/syrthes3.4.3/bin:/home/webadm/code-saturne/syrthes3.4.3/bin/Linux:$PATH
make install
make exe
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/include
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/lib
cd ..
cp -p -r lib/Linux/* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/lib
cp include/* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/include
cp -p bin/syrthes /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
chmod a+x bin/syrthes_create_case
dos2unix bin/syrthes_create_case
cp -p bin/Linux/syrthes2ensight /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
cp -p bin/syrthes_create_case /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
cp -p bin/Makefile /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
cp -p bin/Makefile.in /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
cd ..
Créer le fichier /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin/syrthes.profile avec editeur de texte préféré ou vi et mettez y :
export NOM_ARCH=Linux
export PATHSYR=/opt/code_saturne-3.0.1/lib
export PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin:/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin/Linux:$PATH
export SYRTHES_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3

Code Saturne 3

2013-07-27T21:15:15Z

Yannick56 : /* 0d) Compilation de Metis (Optionnel) */ ajout compilation librairies statiques

{{Ébauche}}

{{introduction|Compilation, installation et configuration de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] 3.x sur Mageia 3 ou supérieur. Code Saturne est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. }}

= Introduction =

[http://fr.wikipedia.org/wiki/Code_Saturne Code_Saturne] est logiciel de calcul scientifique dans le domaine de la mécanique des fluides. Ce logiciel développé par la direction R&D d'EDF (Électricité de France) sous licence GPL sert entre autres à faire des calculs très fiables d'éléments très critiques dans les centrales nucléaires ou d'autres éléments de centrales électriques à gaz ou charbon.

Des paquets de fichiers .deb précompilés existent pour les dristribution Linux Debian et Ubuntu mais pas pour Mageia Linux. L'objet de cet article sera donc de compiler, installer et configurer Code Saturne sur Mageia Linux
avec le maximum de paquetages déjà disponibles sur Mageia Linux.

= Prérequis =

D'après le fichier [http://code-saturne.org/viewvc/saturne/branches/Version3_0/COMPATIBILITY?revision=4946&view=markup Compatiblity] inclus dans les sources du futur Code Saturne 3.0.2, les prérequis logiciels sont les suivants :

== Code source de Code_Saturne ==

* La version 3.x de l'outil de calcul en mécanique des fluides Code_Saturne intègre désormais le noyau de Code_Saturne (et son IHM) (Kernel (including Graphical User Interface)) et le Préprocesseur (Preprocessor) dans la même archive du code source au contraire de la 2.0.x. Cette version 3.0.x inclut aussi le nouveau composant : Parallel Location and Exchange version 1.0

Liens de téléchargement direct : 
Version 3.0.1 : http://code-saturne.org/cms/sites/default/files/releases/code_saturne-3.0.1.tar.gz 

Page de téléchargement en anglais : 
version 3.0.x : http://code-saturne.org/cms/download/3.0

Page d'informations en français : 
http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-code-saturne-45341.html 

Page d'informations en anglais : 
http://research.edf.com/research-and-the-scientific-community/software/code-saturne/introduction-code-saturne-80058.html 

== Compilateurs et interpréteurs de script ==

* Un compilateur C au standard C99 comme gcc dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. [http://gcc.gnu.org/c99status.html Etat du support du C99 en fonction des versions de gcc]
* Un compilateur Fortran au standard Fortran 95 comme [http://en.wikipedia.org/wiki/Gfortran Gfortran] dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]. Gfortran dans GCC >=4.1.x . [http://gcc.gnu.org/wiki/GFortran#news Etat du support du Fortran 95 en fonction des versions de gcc]
* (Optionnel) Un compilateur C++ au standard C++ comme g++ dans [http://fr.wikipedia.org/wiki/GNU_Compiler_Collection GCC]
* Un interpréteur de script Python avec Python >= 2.5
* Un interpréteur de shell Bourne comme bash

== Bibliothèques obligatoires ==

Les composants des bibliothèques BFT (Base Functions and Types), FVM (Finite Volume Mesh) et MEI (Mathematical Expressions Interpreter) sont désormais dans la même archive du code source de Code_Saturne 3.x au contraire de la 2.0.x.

== Bibliothèques optionnelles ==

Vous trouverez ici la liste des bibliothèques optionnelles qui peuvent être liés à
Code_Saturne. Le numéro de version est celui utilisé pour développer et
tester la version 3.0.x de Code_Saturne. D'autres versions (plus récentes ou anciennes ) peuvent-être encore compatible.

* pyqt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://www.riverbankcomputing.co.uk/software/pyqt/download

* qt: >= 4.3 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://qt-project.org/downloads et http://qt-project.org/wiki/Get_The_Source

* libxml2: >= 2.6.19 - (nécessaire pour l'interface graphique (GUI) de Code_Saturne GUI)
Téléchargement des sources : http://xmlsoft.org/downloads.html

* Metis: >= 5.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download

* Par Metis: >= 4.0 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/parmetis/download

* Scotch et PT-Scotch: >= 6 - (for optimised domain decomposition)
Téléchargement des sources : https://gforge.inria.fr/frs/?group_id=248 et http://www.labri.fr/perso/pelegrin/scotch/

* CGNS: >= 3.1 - (pour lire ou écrire les fichiers au format CGNS)
Téléchargement des sources : http://cgns.sourceforge.net/download.html

* MED: >= 3.0 - (pour lire ou écrire les fichiers au format MED/SALOME)

L'archive avec le code source de MED_fichier se trouve dans l'archive des sources de Code Aster

Pour l'extraire d'apres http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article418 et http://www.code-aster.org/V2/spip.php?article68 ,faire 
tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz 
Téléchargement des sources : http://www.code-aster.org/V2/spip.php?rubrique7

Liens de téléchargement direct : 
http://www.code-aster.org/FICHIERS/aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz

* hdf5: > 1.6.4 - (nécessaire pour l'utilisation des bibliothèques CGNS et MED )
Sources : http://www.hdfgroup.org/downloads/

* Zlib: 1.2.3 - (pour importer les maillages compressés)
Sources : http://www.zlib.net/

== Bibliothèques optionnelles OBSOLETES ??? ==

autres librairies optionnelles non indiquées dans les pré-requis du fichier COMPATIBILITY

* Libccmio >= 2.6.1
Sources : recherchez libccmio-2.6.1.tar.gz sur Internet
disponible en archive à https://svn.scorec.rpi.edu/wsvn/TSTT/Tools/iMeshIO/libccmio-2.6.1.tar.gz?op=log&rev=2353&sc=0&isdir=0
ou demander la dernière version auprès de l'éditeur [http://www.cd-adapco.com/downloads/index.html cd-adapco] d'apres le [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=5662#p5662 2ème post dans ce forum]. 
Attention, l'utilisation de cette librairie pour lire les fichiers Star-CCM+ (*.ccm) nécessite d'utiliser la commande reorient. Veuillez donc consulter les posts suivants : [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=4970#p4970 post1] et [http://code-saturne.org/forum/viewtopic.php?p=3579#p3579 post2] pour plus d'informations sur ce point.

* Syrthes > 3.0
Sources : http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html

ATTENTION : Code_Saturne 3.0.x devrait être compatible avec Syrthes > 4.0.x ([http://code-saturne.org/cms/download/2.1 Source]).
Veuillez donc utilisez la dernière version de Syrthes 3.4.x pour Code_Saturne 2.0.x .

Liens de téléchargement direct : 
http://innovation.edf.com/fichiers/fckeditor/Commun/Innovation/logiciels/syrthes/syrthes3.4.3.zip

* swig: > 1.3.30 - (necessary for the MEI library)
Téléchargement des sources : http://www.swig.org/download.html

== Bibliothèques MPI ==

Dans le cas de calcul parallèle, il est nécessaire d'utiliser une bibliothèque MPI. Les bibliothèques suivantes ont été utilisées avec succès par l'équipe de développement de Code_Saturne (voir fichier COMPATIBILITY) 
(le numéro donné est celui de la dernière version au moment de la rédaction de ce document), mais aucune commande spécifique n'est utilisé dans le code de sorte que toute autre bibliothèque MPI devrait fonctionner.

* MPICH: 3.0.4
* MPICH2: 1.2.5
Téléchargement des sources MPICH : http://www.mpich.org/downloads/ 
Téléchargement des sources MPICH2 : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2staging/goodell/downloads/index.php?s=downloads

* Open-MPI: 1.6.4
Téléchargement des sources : http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

Note : Les bibliothèques LAM/MPI 7.1.x (http://www.lam-mpi.org/7.1/) ne sont plus supportées par Code_Saturne 3.x

= Installation =

== Installation des prérequis ==

Toutes les étapes d'installation de librairies et de compilation se feront avec le compte root.
Le lancement de Code_Saturne se fera avec un compte utilisateur normal.

0) Passer en compte root
su - root
puis indiquez le mot de passe du compte root

1) Installer l'ensemble des logiciels (compilateurs, bibliothèques) nécessaires pour mettre en place un environnement de développement : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* En version 4.7.2 : gcc, gcc-c++, gcc-cpp, gcc-gfortran. GFortran supporte le Fortran 95.
* glibc 2.17

Mageia 3 :
urpmi meta-task task-c++-devel task-c-devel task-x11 gcc-gfortran

2) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* Python 2.7.3 et ses librairies
* PyQT (python-qt4) 4.9.6 et ses librairies
* QT4 4.8.4 et ses librairies
* LibXML2 2.9.0 et ses librairies

urpmi python libpython2.7 libpython-devel python-qt4 python-qt4-assistant python-qt4-core python-qt4-designer python-qt4-devel \ 
python-qt4-gui python-qt4-multimedia python-qt4-network python-qt4-opengl python-qt4-script python-qt4-xml python-qt4-xmlpatterns \ 
libqt3support4 libqt4-devel libqtcore4 libqtdbus4 libqtdesigner4 libqtgui4 libqthelp4 libqtmultimedia4 libqtnetwork4 libqtopengl4 \ 
libqtscript4 libqtscripttools4 libqtxml4 libqtxmlpatterns4 qt4-common qt4-qtconfig qt4-qtdbus qt4-xmlpatterns qtscriptbindings \ 
libxml2_2 libxml2-devel libxml2-python libxml2-utils

Dans une installation de mageia 3 où le package task-kde4-minimal a déjà installé, il pourrait n'y avoir que l'installation des paquets principaux suivants et leurs librairies de dépendances en 32 bits:
lib64python-devel, lib64qassistant4, python-qt4-assistant, python-qt4-devel, qt4-designer.

3) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :
* hdf5 1.8.9 et ses librairies
* Zlib 1.2.7 et ses librairies
* LibBlas 3.4.2 et ses librairies
* CGNS 3.1 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* MED 3.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Metis 5.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Scotch 6.0 et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)

Mageia 3 :
urpmi libzlib1 libzlib-devel hdf5 libhdf5-devel libhdf5_7 libhdf5_hl7 libblas3 libblas-devel (32 bits)
urpmi lib64zlib1 lib64zlib-devel hdf5 lib64hdf5-devel lib64hdf5_7 lib64hdf5_hl7 lib64blas3 libblas-devel (64 bits)

4) Installer l'ensemble des logiciels nécessaires au prérequis pour le calcul parallèle hors besoin pour l'interface graphique : 
Avec Mageia 3, nous installons :

La solution plus à jour pour fonctionner et la plus performante

* Open-MPI 1.6.4 et ses librairies

urpmi openmpi libopenmpi1 libopenmpi-devel (32 bits)
urpmi openmpi lib64openmpi1 lib64openmpi-devel (64 bits)

et nous n'installons pas
* Mpich et ses librairies (N'EXISTE PAS SUR MAGEIA 3)
* Mpich2 1.2.1 et ses librairies (alors que le prérequis est Mpich2 1.2.5 )
parce qu'ils ne respectent pas les prérequis de Code Saturne ou n'existe pas sur Mageia.

Note : il sera souhaitable d'utiliser Open-MPI à la place des autres librairies et en particulier LAM/MPI parce Open-MPI est plus complet et à jour que LAM/MPI. [http://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI Source].

== Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes ==

Note : je considère ici que le code source de code_saturne a été téléchargé via les liens indiqués à l'étape Prérequis au début de ce document. 
Les sources ci-dessous ont été déposés dans un répertoire /home/user/code-saturne :

47668927 code_saturne-3.0.1.tar.gz

=== 0a) Compilation de CGNS (optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CGNS CGNS] par Code_Saturne.

tar xzvf cgnslib_3.1.4-2.tar.gz
cd cgnslib_3.1.4

Si Mageia 32 bits alors mettre -DENABLE_64BIT:BOOL=OFF ci-dessous
cmake -DBUILD_CGNSTOOLS:BOOL=OFF \
-DCGNS_BUILD_SHARED:BOOL=ON \
-DCGNS_USE_SHARED:BOOL=ON \
-DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \
-DENABLE_64BIT:BOOL=ON \
-DENABLE_FORTRAN:BOOL=OFF \
-DENABLE_HDF5:BOOL=ON \
-DENABLE_LEGACY:BOOL=OFF \
-DENABLE_SCOPING:BOOL=OFF \
-DENABLE_TESTS:BOOL=OFF

make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/include
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib
cd ..

=== 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation de fichiers au format [http://en.wikipedia.org/wiki/CD-adapco#STAR-CCM.2B STAR-CCM+] par Code_Saturne.

(permettre la lecture de fichiers Star-CCM+ , extension de fichier *.ccm).
Avec libccmio-2.6.1, on a libccmio 2.6.1, libadf ?, libcgns 2.30

tar xzvf libccmio-2.6.1.tar.gz
cd libccmio-2.6.1/
./compile.linux17
make -f Makefile
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio

identifier le nom du repertoire en fonction de l'architecture en 32 ou 64 bits
ls -l lib

(si vous avez Mageia en 32bits, veuillez remplacer le texte linux_2.4-x86-glibc_2.3.2 ci-dessous par le résultat de la commande ci-dessus)
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux_2.4-x86-glibc_2.3.2/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

(si vous avez Mageia en 64bits)
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libadf* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib
cp -p -r lib/linux64_2.4-x86-glibc_2.2.5/debug-shared/libccmio* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib

cp -p -r libadf/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libadf/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include
cp -p -r libccmio/*.h /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r libccmio/*.c /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/include/libccmio
cp -p -r /opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4/lib/*.so* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib '''(Ligne a exécuter UNIQUEMENT si vous avez installé cgnslib à l'étape précédente)'''
chmod a+x /opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1/lib/*.so
cd ..

=== 0c) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) ===

Cette librairie est nécessaire pour ajouter le support de l'importation ou l'exportation de fichiers au format [http://www.code-aster.org/outils/med/ MED] par Code_Saturne.

tar xvzf aster-full-src-11.4.0-1.noarch.tar.gz aster-full-src-11.4.0/SRC/med-3.0.6.tar.gz
cd aster-full-src-11.4.0/SRC
tar xzvf med-3.0.6.tar.gz
cd med-3.0.6
./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6
make
make install
cd ../../..

=== 0d) Compilation de Metis (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Metis est habituellement légèrement inférieure à celle obtenue avec Scotch or PT-Scotch, mais ces bibliothèques sont plus rapides.

urpmi cmake
tar xzvf metis-5.1.0.tar.gz
cd metis-5.1.0

Compilation des librairies dynamiques (nécessaires pour Code_Saturne)
make config shared=1 prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

Et compilation ensuite des librairies statiques (nécessaires pour Syrthes)
make distclean
make config prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0
make
make install

cd ..

=== 0e) Compilation de Scotch (Optionnel) ===

Cette librairie peut être utilisé pour optimiser le partitionnement du maillage. Suivant le maillage, le calcul en parallèle de maillages partitionnés avec ces librairies peut être de 10% à 50% plus rapide que la méthode de partitionnement intégré dans code_saturne par courbe de remplissage de l'espace. La qualité de partitionnement de Scotch est habituellement légèrement supérieure à celle obtenue avec Metis, mais ces bibliothèques sont plus lentes.

tar xzvf scotch_6.0.0.tar.gz
cd scotch_6.0.0/src

Mageia 32 bits
cp -p Make.inc/Makefile.inc.i686_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc

Mageia 64 bits
cp -p Make.inc/Makefile.inc.x86-64_pc_linux2.shlib ./Makefile.inc

make
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0
make prefix=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0/lib
cd ../..

 

'''Problème d'éditions de liens avec bibliothèques bzip2 et lzma à corriger lors de la compilation :'''

Mageia 32 bits
urpmi libbzip2-devel liblzma-devel liblzmadec0 liblzmadec-devel
Mageia 64 bits
urpmi lib64bzip2-devel lib64lzma-devel lib64lzmadec0 lib64lzmadec-devel

Editez le fichier Makefile.inc
et ajoutez les paramètres
-DCOMMON_FILE_COMPRESS_BZ2 -DCOMMON_FILE_COMPRESS_LZMA
à la fin de la ligne
CFLAGS =
afin d'ajouter le support de gestion de gestion en entrée et sortie de graphes compressés au format bzip2 et lzma par les binaires de la distribution scotch en plus de Zlib.

=== 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface)===

tar xzvf code_saturne-3.0.1.tar.gz
cd code_saturne-3.0.1

Configuration minimale :

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--without-metis \ 
--without-scotch \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--without-ccm \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration recommandée avec METIS, SCOTCH, CCM

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--disable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--without-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

ou configuration maximale NON recommandée avec OpenMP, BLAS

./configure --prefix=/opt/code_saturne-3.0.1 \ 
--enable-openmp \ 
--with-pic \ 
--with-ple \ 
--with-libxml2 \ 
--with-blas \ 
--with-mpi \ 
--with-metis=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/metis-5.1.0 \ 
--with-scotch=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/scotch-6.0.0 \ 
--with-hdf5 \ 
--with-cgns=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/cgnslib-3.1.4 \ 
--with-med=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/med-3.0.6 \ 
--with-ccm=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/libccmio-2.6.1 \ 
--with-zlib \ 
--with-salome \ 
--with-libiconv \ 
--with-libintl 

Affichage du résultat de la configuration avant compilation :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: no
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: no
CCM support: no
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

ou avec Scotch, METIS, CCM en plus :
...
Configuration options:
use debugging code: no
use malloc hooks: no
use graphical user interface: yes
use long integers: no
Zlib (gzipped file) support: yes
MPI (Message Passing Interface) support: yes
MPI I/O support: yes
MPI2 one-sided communication support: yes
OpenMP support: no
BLAS (Basic Linear Algebra Subprograms) support: no
Libxml2 (XML Reader) support: yes
ParMETIS (Parallel Graph Partitioning) support: no
METIS (Graph Partitioning) support: yes
PT-SCOTCH (Parallel Graph Partitioning) support: no
SCOTCH (Graph Partitioning) support: yes
CCM support: yes
HDF (Hierarchical Data Format) support: yes
CGNS (CFD General Notation System) support: yes
MED (Model for Exchange of Data) support: yes
MED MPI I/O support: no
MEDCoupling support: no
SALOME GUI support: yes
SALOME Kernel support: no
Dynamic loader support (for YACS): dlopen
...

Lancez la compilation :
make
make install
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/bin
ls -l /opt/code_saturne-3.0.1/lib
cd ..

=== 2) Test du binaire Code Saturne ===

a) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez les commandes suivantes :

* test du script de la librairie "Parallel Location and Exchange" :
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/ple-config --version
L'affichage du résultat doit être :
1.0.3

* test de code_saturne
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne info --version
L'affichage du résultat doit être :
Code_Saturne version: 3.0.1

b) Revenez a votre compte utilisateur standard et essayez la commande suivante :

* test de l'interface graphique
/opt/code_saturne-3.0.1/bin/code_saturne gui
L'affichage du résultat doit être :
Une interface graphique doit apparaitre

=== 3) Compilation de Syrthes (Optionnel) ===

Permet le couplage de Code_Saturne avec le code de thermique solide [http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html SYRTHES].

urpmi dos2unix
unzip syrthes3.4.3.zip
cd syrthes3.4.3
cd bin
Note : /home/user/code-saturne est le répertoire ou les sources ont été décompressés.

export NOM_ARCH=Linux
export PATHSYR=/home/user/code-saturne
export SYRTHES_HOME=/home/user/code-saturne/syrthes3.4.3
export PATH=/home/user/code-saturne/syrthes3.4.3/bin:/home/webadm/code-saturne/syrthes3.4.3/bin/Linux:$PATH
make install
make exe
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/include
mkdir -p /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/lib
cd ..
cp -p -r lib/Linux/* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/lib
cp include/* /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/include
cp -p bin/syrthes /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
chmod a+x bin/syrthes_create_case
dos2unix bin/syrthes_create_case
cp -p bin/Linux/syrthes2ensight /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
cp -p bin/syrthes_create_case /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
cp -p bin/Makefile /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
cp -p bin/Makefile.in /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin
cd ..
Créer le fichier /opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin/syrthes.profile avec editeur de texte préféré ou vi et mettez y :
export NOM_ARCH=Linux
export PATHSYR=/opt/code_saturne-3.0.1/lib
export PATH=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin:/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3/bin/Linux:$PATH
export SYRTHES_HOME=/opt/code_saturne-3.0.1/lib/syrthes-3.4.3

Code Saturne 3

2013-07-27T16:56:22Z

Yannick56 : /* 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface) */ ameliorations

Code Saturne 3

2013-07-27T16:53:13Z

Yannick56 : /* 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) */

Code Saturne 3

2013-07-27T16:34:28Z

Yannick56 : /* 0a) Compilation de CGNS (optionnel) */ mise a jour operations de compilation

Code Saturne 3

2013-07-27T15:51:03Z

Yannick56 : /* 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface) */

Code Saturne 3

2013-07-27T15:50:13Z

Yannick56 : /* 1) Compilation de Code_Saturne (Code_Saturne Preprocessor, Kernel and Graphical User Interface) */

Code Saturne 3

2013-07-27T15:48:07Z

Yannick56 : ajout partie 2) Test du binaire Code Saturne

Code Saturne 3

2013-07-27T14:45:15Z

Yannick56 : ajout partie 0e) Compilation de Scotch (Optionnel)

Code Saturne 3

2013-07-27T13:50:53Z

Yannick56 : /* Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes */ ajout informations pour Metis

Code Saturne 3

2013-07-27T13:30:21Z

Yannick56 : /* Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes */ la compilation de sythes se fait désormais apres la compilation de code_saturne

Code Saturne 3

2013-07-27T13:26:17Z

Yannick56 : /* Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes */ ajout partie compilation de code_saturne

Code Saturne 3

2013-07-27T09:55:35Z

Yannick56 : /* 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) */

Code Saturne 3

2013-07-27T09:47:16Z

Yannick56 : /* Bibliothèques optionnelles OBSOLETES ??? */

Code Saturne 3

2013-07-27T09:40:47Z

Yannick56 : /* 0e) Compilation de Metis (Optionnel) */ mise a jour version de la 5.0.3 à la 5.1.0

Code Saturne 3

2013-07-27T09:22:49Z

Yannick56 : /* 0b) Compilation de libccmio (Optionnel) */ ajout précision

Code Saturne 3

2013-07-26T11:39:15Z

Yannick56 : /* 0d) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME) */ mise a jour version med et code_aster

Code Saturne 3

2013-07-26T11:37:38Z

Yannick56 : /* Bibliothèques optionnelles */ mise à jour bibliothèque MED.

Code Saturne 3

2013-07-24T11:58:13Z

Yannick56 : /* Installation des prérequis */ ajout informations sur librairies

Code Saturne 3

2013-07-24T11:47:56Z

Yannick56 : /* Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes */ ajout partie 0e) Compilation de Metis (Optionnel)

Code Saturne 3

2013-07-24T11:45:03Z

Yannick56 : /* Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes */ ajout partie 0d) Compilation de LibMED (OBLIGATOIRE pour utiliser des fichiers créés par SALOME)

Code Saturne 3

2013-07-24T11:42:57Z

Yannick56 : /* Compilation de Code Saturne et de ses librairies annexes */ ajout partie 0c) Compilation de Syrthes (Optionnel)